砷诱导胰腺β细胞损伤的候选主微RNA调控因子多组学分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE199458

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数据说明

砷是一种普遍存在的环境毒素，被有毒物质与疾病登记署列为第一调查优先事项。慢性砷暴露与2型糖尿病（T2D）相关。然而，其潜在机制在很大程度上仍不清楚。我们最近证明，用砷处理INS-1 832/13胰腺β细胞会损害葡萄糖刺激的胰岛素分泌（GSIS），这是T2D的一个标志性特征。我们还表明，砷对β细胞中microRNA（miRNA）谱的改变比其他金属更为显著。miRNA在正常β细胞功能和T2D发病机制中具有公认的调控作用。我们假设存在介导砷相关GSIS缺陷的miRNA主调控因子。为验证这一假设，我们首先用1 μM无机砷（iAsIII）或0.5 μM单甲基亚砷酸盐（MAsIII）处理INS-1 832/13 β细胞，并证实GSIS显著降低。

随后，我们采用染色质连续转录测序（ChRO-seq）、RNA测序（RNA-seq）和小RNA测序（small RNA-seq）进行多组学分析，以分别界定砷相关的染色质与转录活性、基因表达以及miRNA谱。整合这些数据集后，我们首先发现，经iAsIII处理下调的基因在胰岛素分泌、T2D及青年发病型糖尿病（MODY）通路中富集，而经MAsIII处理下调的基因则在细胞周期中富集，并包括编码关键β细胞维持因子Neurod1和Rfx6的基因。其次，我们还鉴定出那些主要受砷化物影响而发生转录后调控的基因。最后，我们证明miR-29a是这些基因的首要候选主调控因子。我们的研究是首个针对砷化物暴露后β细胞的多组学分析，结果强烈提示砷化物导致miR-29表达和活性异常。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。