VEGFC治疗BDL诱导肝性脑病肝硬化大鼠脑组织的RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE149227

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

目的：肝性脑病（HE）是肝硬化患者的一种严重神经系统并发症。目前对脑膜淋巴系统在HE中的作用尚一无所知。我们检验了以下假说：增强脑膜淋巴引流可减轻神经炎症并改善HE。方法：采用4周胆管结扎（BDL）模型在大鼠中建立伴HE的肝硬化。利用存档的GSE41919评估HE患者的脑部炎症。通过转棒实验评估大鼠的运动功能。于手术后第1天向BDL大鼠小脑延髓池注射AAV8-VEGF-C以诱导脑膜淋巴管生成。结果：伴HE的肝硬化大鼠皮质中部区域小胶质细胞活化显著增加（p<0.001），神经炎症加重，表现为皮质三个区域中至少一个区域的IL-1、INF、TNF和Iba1表达显著升高。伴HE大鼠的运动功能亦受损（p<0.05）。伴HE的肝硬化患者脑组织同样表现出促炎基因（NF-κβ、Iba1、TNFα和IL-1β）上调（n=6）。

AAV8-VEGF-C注射显著增加了脑膜淋巴管生成（p=0.035）以及皮层前部和中部区域（分别为p=0.006和0.003）、相应脑膜（分别为p=0.086和0.006）和引流淋巴结（p=0.02）中的示踪染料摄取。此外，AAV8-VEGF-C减少了小胶质细胞活化（p<0.001）和神经炎症，并改善了运动功能障碍（p=0.024）。结论：促进脑膜淋巴引流和增强废物清除可改善HE。调控脑膜淋巴管生成可能成为治疗HE的新策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。