Junction-Specific Cryptic Exon RT-qPCR 数据与代码

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.15420812

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 209.4 MB。

数据说明

该数据集包含原始实验数据、未裁剪的Western blot图像以及配套分析代码，支持Koide等人的手稿《Junction-Specific Cryptic Exon RT-qPCR Quantifies Sub-percent Nuclear TDP-43 Loss in Cells and ALS Cortex》的研究发现。该研究聚焦于开发并验证一种超灵敏RT-qPCR检测方法，用于定量隐蔽外显子（cryptic exon, CE）剪接——这是肌萎缩侧索硬化（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）中TDP-43功能障碍的分子标志。这种新型检测方法采用针对STMN2 CE的接头特异性引物设计，通过消除前体mRNA共扩增，显著提高了灵敏度和动态范围，优于传统方法。本存储库包含：Raw_Ct_value.xlsx：一个Excel文件，包含在培养细胞（SH-SY5Y、HEK293T）以及死后人ALS运动皮层和对照组织中进行的全部RT-qPCR实验的原始循环阈值（Ct）值。该表格是qPCR定量的主要数据来源。

原始数据CSV文件（位于Rawdata文件夹内）：这些CSV文件源自Raw_Ct_value.xlsx或其他原始数据源，其格式设计为可直接输入R分析脚本。这些文件包含用于量化STMN2 CE、其他TDP-43响应性CE、可变剪接事件及参照基因表达的数据，并构成生成图表的基础。未裁剪的Western Blot图像：手稿中所有Western blot的原始未裁剪图像（例如图3B）。这些图像为所呈现的裁剪印迹提供完整背景，确保数据呈现的透明度。R Markdown文件（.Rmd）：用于手稿中所有统计分析、数据处理和图表生成的R Markdown脚本。该代码可基于所提供的CSV数据文件完整重现分析和图表。由R Markdown文件生成的PDF报告（.pdf）：该文档（“Raw Data and Analysis Code fo

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。