铁蛋白降解组基础图谱

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5522/04/30647345

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数据说明

铁蛋白降解组图谱（第2版）

描述

铁蛋白降解组图谱（第2版）是一个综合性、开放获取的参考数据集，系统性地绘制了人类铁蛋白重链和轻链的完整理论降解组。该资源在Degradome Atlas框架内开发，提供了高分辨率的计算目录，涵盖铁蛋白经蛋白水解或化学裂解可能产生的所有潜在肽段。

第2版新增内容（最新更新）

本次重大更新将图谱扩展至涵盖两种关键临床表型中的五种不同致病突变，从而实现精确的变异水平肽组学分析和生物标志物发现：

5型血色病：包含K54R突变。

脑铁积累伴神经退行性疾病（NBIA）：包含S164位点的六种不同氨基酸替换（S164A、S164T、S164P、S164C、S164Y和S164F）。

生物学与临床意义

铁蛋白是主要的细胞内铁储存蛋白，也是铁稳态的关键调节因子。

除了作为广泛使用的临床生物标志物这一既定作用外，铁蛋白还是神经免疫学、神经退行性变、炎症、自身免疫、小胶质细胞生物学、髓鞘形成以及铁蛋白自噬相关细胞通路中的关键分子。铁蛋白的失调以及特定突变变体的出现与众多神经系统、炎症性、自身免疫性和全身性疾病密切相关。铁蛋白降解组图谱列举了基于预测的酶切和化学切割事件，由野生型和突变型人铁蛋白序列理论上可能产生的每一个连续肽段。每个片段都附有与蛋白质组学、质谱分析、生物标志物发现和计算生物学相关的生化和生物物理特征的详尽注释。包含的片段注释图谱数据集中的每个肽条目都以一套全面的物理化学

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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