CPTAC-GBM影像病理

CPTAC-GBM Radiology Pathology 面向胶质母细胞瘤及相关疾病研究,提供可公开访问的多模态数据或临床/组学信息,适合用于分类、生物标志物探索、队列比较和算法验证等研究场景。

TCIATCIA
TCIA
2024-01-01 更新
浏览 38
多模态分类Glioblastoma
CPTAC-GBM Radiology Pathology

基本信息

模态
多模态
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2024-01-01
版本
Ongoing

资源简介

CPTAC-GBM影像病理

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开的多模态数据集,收录 合计 192.60 GB、200 例受试者,主题涵盖 Glioblastoma,可用于跨模态对齐与融合建模研究,CC BY 4.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《The Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium Glioblastoma Multiforme Collection》。源站首次发布:2024/07/08。

【数据内容】

源站原始描述:All CPTAC cohorts are released as either a single combined cohort, or split into Discovery and Confirmatory where applicable. There are two main types of proteomic studies: discovery proteomics and targeted proteomics. The term "discovery proteomics" is in reference to "untargeted" identification and quantification of a maximal number of proteins in a biological or clinical sample. The term “targeted proteomics” refers to quantitative measurements on a defined subset of total proteins in a biolo…

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/K9/TCIA.2018.3RJE41Q1。

【主题与分类】

源站学科分类:MR、CT、Histopathology、Whole Slide Image。主题标签:Glioblastoma。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/cptac-gbm/

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:National Cancer Institute Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC). (2018). The Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium Glioblastoma Multiforme Collection (CPTAC-GBM) (Version 16) [dataset]. The Cancer Imaging Archive

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据说明

CPTAC-GBM Radiology Pathology 是与胶质母细胞瘤相关的公开数据集,涵盖多模态数据,可用于分类、疾病表型分析或模型评估。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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