TCGA-KICH 肾嫌色细胞与上尿路尿上皮变异数据集

包含肾盏及输尿管交界处病变的基因组数据,主要用于上尿路复杂肿瘤组织免疫微环境和基因突变谱的对比研究。由National Cancer Institute提供,来自GDC Data Portal,数据格式为表格,包含113条数据记录,适用于分类任务,许可证为Open Data Commons,专注于肿瘤领域的输尿管癌研究。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
GDC Data Portal
2023-10-11 更新
浏览 11
表格分类[''Adenomas and Adenocarcinomas''][''Kidney'']
The Cancer Genome Atlas Kidney Chromophobe

基本信息

模态
表格
大小
85 GB
数据量
113
任务类型
分类
许可
Open Data Commons
创建/更新时间
2023-10-11

资源简介

TCGA-KICH 肾嫌色细胞与上尿路尿上皮变异数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Kidney Chromophobe》。

【数据内容】

源站原始描述:disease_type: Adenomas and Adenocarcinomas;primary_site: Kidney;data categories: Simple Nucleotide Variation, Sequencing Reads, Biospecimen, Clinical, Copy Number Variation, Transcriptome Profiling, DNA Methylation, Proteome Profiling, Somatic Structural Variation, Structural Variation;Kidney Chromophobe;TCGA-KICH

【主题与分类】

主题标签:[''Adenomas and Adenocarcinomas'']、[''Kidney'']。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-KICH

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源站:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-KICH

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 85.00 GB。

数据说明

包含肾盏及输尿管交界处病变的基因组数据,主要用于上尿路复杂肿瘤组织免疫微环境和基因突变谱的对比研究。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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