TCGA-BLCA 尿路上皮癌数据集

该数据集包含输尿管及膀胱等上皮系统恶性肿瘤的基因组学、转录组学及临床随访数据,广泛用于尿路系统癌症的分子分型和预后分析。由National Cancer Institute提供,来自GDC Data Portal,数据格式为表格,包含412条数据记录,适用于分类任务,许可证为Open Data Commons,专注于肿瘤领域的输尿管癌研究。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
GDC Data Portal
2023-10-11 更新
浏览 24
表格分类[''Bladder'']
The Cancer Genome Atlas Bladder Urothelial Carcinoma

基本信息

模态
表格
大小
450 GB
数据量
412
任务类型
分类
许可
Open Data Commons
创建/更新时间
2023-10-11

资源简介

TCGA-BLCA 尿路上皮癌数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Bladder Urothelial Carcinoma》。

【数据内容】

源站原始描述:disease_type: Epithelial Neoplasms, NOS, Adenomas and Adenocarcinomas, Squamous Cell Neoplasms, Transitional Cell Papillomas and Carcinomas;primary_site: Bladder;data categories: Simple Nucleotide Variation, Sequencing Reads, Biospecimen, Clinical, Copy Number Variation, Transcriptome Profiling, DNA Methylation, Proteome Profiling, Somatic Structural Variation, Structural Variation;Bladder Urothelial Carcinoma;TCGA-BLCA

【主题与分类】

主题标签:[''Epithelial Neoplasms, NOS'', ''Adenomas and Adenocarcinomas'', ''Squamous Cell Neoplasms'', ''Transitional Cell Papillomas and Carcinomas'']、[''Bladder'']。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-BLCA

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源站:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-BLCA

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 450.00 GB。

数据说明

该数据集包含输尿管及膀胱等上皮系统恶性肿瘤的基因组学、转录组学及临床随访数据,广泛用于尿路系统癌症的分子分型和预后分析。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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