ST003921:代谢指纹图谱实现胃癌诊断与预后预测的快速无标记组织病理学
在来源站的分类体系中,该数据集被归入“肿瘤 / 胃癌”方向,主题标签为 MS(Dir. Inf.),即直接进样质谱(direct infusion mass spectrometry)

基本信息
资源简介
ST003921:代谢指纹图谱实现胃癌诊断与预后预测的快速无标记组织病理学
ST003921 是一项以胃癌为研究对象的代谢组学研究数据集,其英文标题为“Metabolic fingerprinting enables rapid, label-free histopathology in gastric cancer diagnosis and prognostic prediction”,字面含义是借助代谢指纹图谱,实现胃癌诊断与预后预测中快速、无需标记的组织病理学分析。在来源站的分类体系中,该数据集被归入“肿瘤 / 胃癌”方向,主题标签为 MS(Dir. Inf.),即直接进样质谱(direct infusion mass spectrometry)。数据集产自复旦大学(Fudan University),研究物种为人类(Homo sapiens)。
【数据集背景】
肿瘤代谢组学关注的是细胞与组织在代谢层面的改变,这类改变往往先于或伴随形态学变化,因此常被用于寻找诊断标志物和预后相关特征。该数据集所处的“肿瘤 / 胃癌”方向,属于代谢组学与临床肿瘤学交叉的领域。数据集标题把“代谢指纹图谱”与“快速、无需标记的组织病理学”联系起来,提示其研究关注点在于把代谢信息用于胃癌的判别与预后评估。不过,该研究的具体立题背景、临床需求来源、研究假设以及其所针对的疾病分期或人群特征,源站未提供。
【数据内容】
依据来源站的描述,这是一项代谢组学研究,采用的检测策略为直接进样质谱,研究物种为人类。直接进样质谱通常不经过色谱分离而直接将样品引入质谱系统,因此一般具有分析速度快、通量较高的特点,这一通用特性与其标题中强调的“快速”方向在语言上相呼应。但就数据集本身而言,实际纳入的样本数量、样本类型(如组织、血液、体液等)、分组设计、检出的代谢物数量与注释程度、原始谱图与处理后数据表的组织方式、是否包含临床与随访信息等,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来自公开的代谢组学研究数据仓储 metabolomicsworkbench.org,由复旦大学产生。来源站给出的信息包括研究类型为代谢组学、检测方式为直接进样质谱、物种为人类以及所属机构。至于所使用的质谱仪器型号、电离方式与极性模式、样本前处理流程、内标与校准方案、样本采集的时间与地点、伦理审批信息等实验细节,源站未提供。
【适用场景】
从主题上看,该数据集面向胃癌相关的代谢组学研究,可用于与代谢指纹图谱、肿瘤诊断判别和预后预测相关的方法学探索,也可作为代谢组学数据再利用的素材。由于数据集标题同时涉及诊断与预后两个方向,其内容在概念上与标志物筛选、分类模型构建等分析思路相关。但具体到是否适合某一类分析、能否与其他队列合并使用,源站未提供相应说明,需以实际数据情况为准。
【使用方法】
关于数据的下载格式、访问是否需要注册或申请、是否提供原始文件与处理文件的对应说明、随附的元数据字段与操作文档,源站未提供。一般而言,使用此类公开代谢组学数据时,建议先阅读来源站提供的实验描述与数据说明,再根据自身研究问题确定分析流程;本数据集的具体使用步骤与配套文档情况,源站未提供。
【质量与限制】
数据质量相关的信息,例如质控样本的设置、缺失值与峰强度稳定性、批次效应、重复性评价、样本量与统计效力以及是否存在独立验证队列,源站均未提供。因此本数据集在上述维度的表现无法评述,也不宜据标题文字推断其在诊断或预后方面的实际效能。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、原始文献出处、许可条款与使用限制,源站未提供。如需在研究中引用或再分发,请以来源站 metabolomicsworkbench.org 上的说明为准。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://metabolomicsworkbench.org/data/DRCCMetadata.php?Mode=Study&StudyID=ST003921
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
代谢组学研究(MS(Dir. Inf.))。物种:智人。机构:复旦大学。
数据缺失?
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