慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌血清 tRNA 衍生片段及 tRNA 半分子图谱

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1513039),主题为转录组或基因表达,聚焦慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌三组样本的血清 tRNA 衍生片段及 tRNA 半分子图谱

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1513039: Serum tRNA-derived fragment and tRNA half profiles across chronic atrophic gastritis, early gastric cancer, and gastric cancer

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌血清 tRNA 衍生片段及 tRNA 半分子图谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目,编号 1513039,英文名称为“Serum tRNA-derived fragment and tRNA half profiles across chronic atrophic gastritis, early gastric cancer, and gastric cancer”。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,属于肿瘤领域中的胃癌方向。其核心内容是围绕慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌三类样本,提供血清中 tRNA 衍生片段及 tRNA 半分子的图谱数据。BioProject 作为生物数据集合记录,旨在将同一研究计划下产生的多种数据类型集中关联,便于用户从一个入口查找和访问相关数据。该数据集因此可作为胃癌及相关胃部病变转录组研究的重要资源,帮助研究者定位血清 tRNA 衍生片段与 tRNA 半分子表达谱信息。

【数据集背景】

胃癌的发生发展通常涉及从慢性萎缩性胃炎等癌前状态到早期胃癌、再到进展期胃癌的多阶段过程。寻找可用于区分不同阶段、辅助早期发现和疾病监测的分子标志物,是胃癌研究的重要方向。tRNA 衍生片段和 tRNA 半分子是转录组或基因表达研究中的一类关注对象,本项目即围绕血清样本中这类分子的图谱展开,覆盖慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌三组样本。该数据集来自 NCBI BioProject,编号 1513039,源站标题为“Serum tRNA-derived fragment and tRNA half profiles... (ID 1513039) - BioProject - NCBI”,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,本站分类归入肿瘤 / 胃癌。

【数据内容】

该数据集的主题为转录组或基因表达,聚焦慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌三组样本的血清 tRNA 衍生片段及 tRNA 半分子图谱。根据源站描述,BioProject 是一个与单一研究计划相关的生物数据集合,来源于单一组织或联盟;BioProject 记录为用户提供一个单一位置,以查找为该计划产生的多种数据类型所对应的链接。因此,本数据集的内容组织方式遵循 BioProject 的通用框架,即围绕项目编号 1513039 汇集相关数据链接。关于具体样本数量、测序平台、数据文件格式、表达矩阵或差异分析结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题显示其为 BioProject 数据库中的记录,编号 1513039。项目英文名称明确指向血清样本中 tRNA 衍生片段和 tRNA 半分子在慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌中的图谱。根据 BioProject 的通用定义,该项目应来源于单一组织或联盟,并围绕单一研究计划组织数据。但关于样本采集地点、采集时间、受试者纳入排除标准、伦理审批信息、具体组织或联盟名称等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤 / 胃癌方向的转录组或基因表达研究,尤其是关注血清 tRNA 衍生片段和 tRNA 半分子图谱的探索。潜在应用场景包括:比较慢性萎缩性胃炎、早期胃癌与胃癌三组样本中 tRNA 衍生片段及 tRNA 半分子的表达特征;为胃癌早期检测、疾病分期或癌前病变监测相关的分子标志物研究提供数据线索;作为 BioProject 记录,帮助研究者发现并链接同一项目下产生的多种数据类型。关于该数据集是否已用于特定临床验证、诊断模型构建或预后评估,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库,以项目编号 1513039 或标题关键词进行检索,进入该项目的记录页面。BioProject 记录提供单一入口,用于查找该项目产生的多种数据类型所对应的链接。用户可根据页面中提供的链接进一步访问相关数据。由于源站未提供具体的数据下载格式、分析流程、代码或预处理步骤,无法进一步说明详细使用方法。建议用户结合 BioProject 页面实际提供的链接和说明进行操作。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源,其记录遵循 BioProject 的通用描述框架。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,本站分类为肿瘤 / 胃癌。限制方面,源站未提供样本量、测序深度、数据完整性、批次效应、质量控制指标、验证实验或统计分析方法等信息,因此无法对该数据集的质量水平作出具体判断。用户在使用时应自行查阅项目页面及相关链接,评估数据是否满足自身研究需求。

【引用与许可】

该数据集的源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 1513039,英文名称为“Serum tRNA-derived fragment and tRNA half profiles across chronic atrophic gastritis, early gastric cancer, and gastric cancer”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或数据共享政策,源站未提供。用户在使用或引用时,应访问 NCBI BioProject 对应页面,以获取最新的引用要求和许可信息。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1513039

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对来自慢性萎缩性胃炎(CAG;n=3)、早期胃癌(EGC;n=3)或胃癌(GC;n=3)的人类参与者血清中的tRNA衍生片段(tRFs)和tRNA半分子(tiRNAs)进行了分析。修饰感知的小RNA测序产生了单端50个核苷酸的读数。提交内容包括九个原始FASTQ文件以及一个完整的供应商注释的tRF/tiRNA特征-样本定量矩阵,其中包含原始计数和CPM值。

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