基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

八例炎症型与八例沙漠型胃癌组织单细胞RNA测序

该数据集为BioProject编号PRJNA1499457，收录于NCBI的BioProject数据库，主题标签为转录组或基因表达。数据集全称为“scRNA-sequencing of gastric tissues derived from eight inflamed-type and eight desert-type tumors”，即来自八例炎症型（inflamed-type）与八例沙漠型（desert-type）胃癌组织的单细胞RNA测序数据。本站将其归类为肿瘤 / 胃癌方向。BioProject是围绕某一项研究计划汇集而成的生物数据集合，通常来自单一机构或联合体，其记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的核心价值在于以单细胞分辨率刻画两类胃癌组织的转录组特征，为胃癌异质性、肿瘤微环境及分型相关研究提供数据基础。

【数据集背景】

胃癌是常见的恶性肿瘤之一，其组织学与分子特征具有高度异质性。基于肿瘤微环境与免疫浸润状态的分型，如炎症型与沙漠型，是理解胃癌生物学行为的重要视角。炎症型通常与较强的免疫细胞浸润相关，而沙漠型则表现为免疫细胞浸润相对匮乏。该数据集正是围绕这两种类型的胃癌组织展开单细胞转录组测序，旨在从单细胞层面解析不同肿瘤类型中细胞组成与基因表达差异。数据集以BioProject形式组织，编号PRJNA1499457，归属于NCBI BioProject数据库，主题标签为转录组或基因表达，本站分类为肿瘤 / 胃癌。

【数据内容】

该数据集包含来自八例炎症型（inflamed-type）与八例沙漠型（desert-type）胃癌组织的单细胞RNA测序数据，共计十六例样本。数据主题标签为转录组或基因表达，表明其内容主要反映基因表达层面的信息。单细胞RNA测序能够获取单个细胞的转录组图谱，因此该数据集可用于分析胃癌组织内不同细胞类型的组成、状态及其基因表达特征。关于测序平台、细胞数量、基因数量、测序深度、数据文件格式与大小等具体参数，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于胃癌组织样本，具体为八例炎症型与八例沙漠型肿瘤组织。数据提交至NCBI BioProject数据库，源站为ncbi.nlm.nih.gov。BioProject记录作为项目入口，汇集了与该研究计划相关的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、患者临床信息、伦理审批信息以及具体提交机构等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于胃癌单细胞转录组相关研究，包括但不限于：比较炎症型与沙漠型胃癌组织在细胞组成与基因表达上的差异；探索肿瘤微环境中免疫细胞浸润特征；识别与胃癌分型相关的细胞亚群与标志基因；开展单细胞水平的生物信息学方法验证与整合分析。此外，也可作为胃癌转录组研究的参考数据，用于方法学比较或与其他单细胞数据集的联合分析。具体适用性需结合数据实际质量与实验设计进行判断。

【使用方法】

使用者可通过NCBI BioProject数据库访问编号PRJNA1499457的记录，并经由该记录查找与之关联的数据类型与下载入口。通常单细胞RNA测序数据可结合相应的分析流程进行质控、比对、定量、聚类与差异表达分析。由于源站未提供具体的文件格式、数据处理步骤与分析建议，实际使用方法需依据BioProject记录中链接的原始数据与相关文档确定。

【质量与限制】

该数据集基于八例炎症型与八例沙漠型胃癌组织，样本量有限，可能影响统计效力与结论的普适性。单细胞RNA测序数据通常存在批次效应、 dropout事件及测序深度不均等技术限制。关于数据质量指标、质控标准、批次信息及验证情况，源站未提供。使用者应结合自身分析目的评估数据适用性，并注意样本来源与临床背景信息的缺失可能带来的解释局限。

【引用与许可】

该数据集为BioProject编号PRJNA1499457，来源于NCBI BioProject数据库。关于数据引用方式、许可协议、使用限制及授权要求，源站未提供。使用者在利用该数据集时，应遵循NCBI及相关数据提交机构的规定，并建议查阅BioProject记录以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE341101

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1499457

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究报道了来自16例人胃癌肿瘤样本的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据。该队列包括8例免疫炎症型和8例免疫荒漠型肿瘤，旨在刻画胃癌中与不同免疫表型相关的细胞和转录组景观。该数据集提供了肿瘤和免疫细胞状态的高分辨率图谱，有助于研究调控免疫荒漠化的上皮内在调节因子和细胞类型特异性程序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别