GPNMB敲低HGC-27胃癌细胞转录组变化
可用于分析 GPNMB 敲低对基因表达谱的影响，识别差异表达基因及相关通路，为研究 GPNMB 在胃癌中的功能机制提供转录组层面的数据支持（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
GPNMB敲低HGC-27胃癌细胞转录组变化
Transcriptomic changes associated with GPNMB knock... (ID 1464558) - BioProject - NCBI
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1464558），英文名为 PRJNA1464558: Transcriptomic changes associated with GPNMB knockdown in HGC-27 gastric cancer cells，聚焦于胃癌细胞系 HGC-27 中 GPNMB 基因敲低后引发的转录组变化。数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于肿瘤/胃癌分类。可用于分析 GPNMB 敲低对基因表达谱的影响，识别差异表达基因及相关通路，为研究 GPNMB 在胃癌中的功能机制提供转录组层面的数据支持（来源 NCBI）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：BioProject 是收集与单一计划相关的生物数据的集合，这些数据源自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供一个单一位置，以查找为该项目生成的各种数据类型的链接。
【主题与分类】
主题标签：Transcriptome or Gene expression。本站分类：肿瘤/胃癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1464558
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1464558
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究表征了HGC-27胃癌细胞中与GPNMB敲低相关的转录组变化。细胞分别瞬时转染GPNMB靶向siRNA或非靶向对照siRNA。每组使用三个独立制备的生物学样本进行RNA测序。采用差异表达分析和富集分析来鉴定与GPNMB敲低相关的候选生物学过程和信号通路。包括cAMP信号通路在内的若干通路出现在名义富集结果中。因此，cAMP通路被作为后续实验研究的假设生成候选对象。所提交的转录组数据集本身并不能确立唯一的下游信号通路、免疫抑制功能、临床预后价值或治疗疗效。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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