大型患者队列胃液内镜液体活检揭示DNA含量作为胃癌候选肿瘤标志物

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A3fbb5a349d0b7b4f70e1a2f8284038d8b883b39ae7e529a6ad6e25c882ac88d9

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

患者数据：从病历中收集。DNA提取与定量：DNA从常规移除的胃液中提取，以便更好地检查黏膜。这些液体收集在连接到内镜抽吸通道的无菌塑料容器中，并置于冰上直至进行pH测量和中和。样本分装成等份，并在-20°C下冷冻保存（每份仅解冻一次），直至通过蛋白酶K消化、酚-氯仿提取和乙醇DNA沉淀从等体积胃液（800 µl）中提取DNA。随后，DNA重悬于100 µl无菌无核酸酶双去离子水中，并通过Qubit荧光法（Thermo Fisher）进行定量。

，# 数据来源：大型人类患者队列中胃液内镜液体活检揭示DNA含量可作为胃癌候选肿瘤生物标志物

数据集DOI：10.5061/dryad.bzkh189qz

数据及文件结构说明

文件与变量

文件：Cadona_et_al_general_data.csv

描述： 患者人口统计学信息、一般数据、相关临床信息以及DNA浓度值。

变量

• 患者ID：字母数字或纯数字

• 内镜检查结果：癌症、胃炎、正常及癌前病变。

• 进一步内镜检查结果：用于为“内镜检查结果”补充更多信息：其他

• 内镜编码：1）正常；2）消化性溃疡疾病；3）癌前病变；4）癌症。

• 性别：生物学性别，男性或女性。

• 年龄组：诊断时的年龄

• BMI：身体质量指数

• pH值：收集的胃液pH值

• 质子泵抑制剂的使用：表示当前是否使用，是或否。

• 肿瘤亚型…，患者数据采用双重编码系统处理：每位参与者获得一个独特的研究代码，而将代码与个人身份信息关联的密钥则单独存放，并限制访问，以防轻易识别个人身份。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。