小肠腺癌全外显子组体细胞突变特征数据集

该数据集是一个包含106例小肠腺癌患者样本的全外显子组测序数据的基因组数据集,通过Illumina HiSeq 4000平台生成,提供了体细胞突变、驱动基因、癌症信号通路和突变特征谱等多维度信息,主要用于癌症基因组学分析、驱动基因识别、精准医疗靶点探索以及小肠腺癌的分子遗传背景研究。

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2018-03-27 更新
浏览 15
ERBBSMARCAARIDbowel segments2ASOXKRASBRCAAPCACVRBRAF V 600E mutationsmutation signature analysis
Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma

基本信息

大小
0.001580624 GB
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2018-03-27
版本
v1

资源简介

小肠腺癌全外显子组体细胞突变特征数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma》。配套论文《Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma》发表于 PLOS Genetics(2018),DOI:10.1371/journal.pgen.1007200。源站首次发布:2018-03-09。

【数据内容】

源站原始描述:Small bowel adenocarcinoma (SBA) is an aggressive disease with limited treatment options. Despite previous studies, its molecular genetic background has remained somewhat elusive. To comprehensively characterize the mutational landscape of this tumor type, and to identify possible targets of treatment, we conducted the first large exome sequencing study on a population-based set of SBA samples from all three small bowel segments. Archival tissue from 106 primary tumors with appropriate clinical…

【数据结构与技术规格】

文件数 15 个,合计 1.58 MB。pgen.1007200.s001.pdf:application/pdf,63.18 KB。pgen.1007200.s002.xlsx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet,25.86 KB。pgen.1007200.s003.xlsx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet,81.57 KB。数据集 DOI:10.1371/journal.pgen.1007200。

【主题与分类】

源站学科分类:Genetics、Molecular Biology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Biological Sciences not elsewhere classified、Information Systems not elsewhere classified、Cancer。主题标签:ERBB、SMARCA、ARID、bowel segments、2A、SOX、KRAS、BRCA、APC、ACVR。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Genetics、Molecular Biology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Biological Sciences not elsewhere classified、Information Systems not elsewhere classified、Cancer。

【获取与许可】

源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/Exome-wide_somatic_mutation_characterization_of_small_bowel_adenocarcinoma/5967298

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Hänninen, Ulrika A.; Katainen, Riku; Tanskanen, Tomas; Plaketti, Roosa-Maria; Laine, Riku; Hamberg, Jiri; et al. (2018). Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma. PLOS Genetics. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-01,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Figshare)

源站:https://figshare.com/articles/dataset/Exome-wide_somatic_mutation_characterization_of_small_bowel_adenocarcinoma/5967298

按页面 Download 按钮获取。

数据说明

该数据集针对小肠腺癌(SBA)这一治疗选择有限的侵袭性疾病,提供了全面的体细胞突变特征分析。数据集包含106例来自芬兰人群(2003-2011年诊断)的原发性肿瘤样本的全外显子组测序数据,覆盖小肠所有三个肠段。数据通过Illumina HiSeq 4000平台进行双端测序生成,并利用OncodriveFML等方法识别驱动基因、分析癌症信号通路和等位基因失衡。研究揭示了TP53、KRAS、APC等已知基因突变,以及SOX9、ACVR2A、BRCA2等新的候选驱动基因,同时提供了突变特征谱和不同肠段的肿瘤特征比较。该数据集主要用于癌症基因组学、驱动基因识别、精准医疗靶点发现和SBA分子机制研究。

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