PRJNA92029：非黑色素瘤皮肤癌的新型分子标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA92029

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数据说明

对正常皮肤（no）、光化性角化病（ak）和皮肤鳞状细胞癌（scc）进行了研究：癌变是一个多步骤过程，表现为肿瘤进展过程中若干基因的上调或下调。参与非黑色素瘤皮肤癌（NMSC）的基因类型和数量仍不清楚。本研究检测并鉴定了NMSC中的差异表达基因。分析了来自五名免疫抑制器官移植受者的十五份速冻活检组织，每名受者均包含正常皮肤、光化性角化病（AK）和浸润性鳞状细胞癌（SCC）样本。提取总RNA，逆转录后，将生物素标记的cRNA与Affymetrix HG-U133A基因表达cDNA微阵列杂交，该微阵列包含22,283个已知基因。共聚焦扫描仪对信号进行两次评估，数据分析通过微阵列预测分析（PAM）完成，使用最近收缩中心法，阈值设为3.5，以鉴定最能表征正常皮肤和皮肤癌的基因。作为第二种独立方法，进行方差分析（ANOVA）以鉴定差异表达基因（p<0.05和p<0.15）。

通过实时RT-PCR对13个上调或下调基因进行了定量验证，并通过测序对基因进行了确认。在正常皮肤与AK及SCC之间观察到118个基因的广泛一致模式。我们研究中在癌中上调的一些基因（例如膜联蛋白、层粘连蛋白和金属蛋白酶）此前已有报道在NMSC中过表达。在非黑色素瘤皮肤癌中，共有42个基因上调，76个基因下调。所鉴定的大多数基因此前未被报道在非黑色素瘤皮肤癌发生过程中存在差异表达。关键词：有序

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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