PRJNA369227：cSCC细胞siRNA敲低AIM2后的RNA-Seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA369227

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

角蛋白细胞来源的皮肤鳞状细胞癌（cSCC）是最常见的转移性皮肤癌，其全球发病率正在上升。慢性炎症已被认定为cSCC的危险因素，而炎症是光化性角化病病变进展为侵袭性和转移性cSCC的典型特征。炎症小体是参与炎症发生的先天免疫应答的重要组成部分。炎症小体组分AIM2作为细胞质双链DNA的传感器，以此方式在应对细菌和病毒定植中发挥关键作用。表皮角蛋白细胞中细胞质DNA对炎症小体的激活可促进自身免疫性和自身炎症性皮肤病的炎症启动。对cSCC细胞（n=8）和正常人表皮角蛋白细胞（NHEKs，n=4）的全转录组分析，以及对cSCC细胞（n=8）和正常人表皮角蛋白细胞（NHEKs，n=5）的基于寡核苷酸阵列的表达分析，揭示了cSCC细胞中AIM2的过表达（分别为GSE66412和GSE66368）。我们希望进一步研究AIM2敲低cSCC细胞的RNA表达谱。

总体设计：提取阴性对照和AIM2 siRNA转染的cSCC细胞系（n=3）的总RNA。样本采用Illumina测序进行测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。