VCX基因家族敲低后A375与PC9细胞的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1244386

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了在转录组水平上研究VCX基因家族在癌细胞中的作用，我们选择了VCX基因家族阳性的A375（黑色素瘤）和PC9（肺腺癌）细胞系。利用靶向所有VCX家族成员共有保守序列的慢病毒shRNA构建了稳定细胞系，并以转染非靶向shRNA的细胞作为对照。从对数生长期的细胞中提取总RNA，用于RNA-seq文库构建和测序。通过差异表达基因和通路分析评估VCX基因家族敲低后的转录组变化。该数据集为VCX基因家族在多种癌症类型中的潜在作用提供了见解。总体设计：我们采用2×2析因设计，考察以下变量：细胞类型（A375黑色素瘤细胞 vs. PC9肺腺癌细胞）和处理方式（靶向VCX基因家族的慢病毒shRNA vs. 非靶向shRNA对照）。VCX敲低通过靶向所有VCX家族成员共有保守序列的shRNA实现。每种条件均进行生物学三重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。