PRJDB10556：培养肿瘤浸润淋巴细胞过继细胞疗法治疗免疫检查点抑制剂难治性日本黑色素瘤患者的初步研究
为了评估使用肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的过继细胞疗法（ACT）在日本免疫检查点抑制剂（ICI）治疗失败的黑色素瘤患者中的可行性，并研究治疗前肿瘤及由此扩增的 TIL 中的免疫组分和免疫微环境
基本信息
资源简介
PRJDB10556：培养肿瘤浸润淋巴细胞过继细胞疗法治疗免疫检查点抑制剂难治性日本黑色素瘤患者的初步研究
PRJDB10556 是一项针对日本黑色素瘤患者的过继细胞疗法（ACT）初步研究数据集，聚焦于使用培养的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）治疗对免疫检查点抑制剂（ICI）耐药的病例。该研究旨在评估这一疗法在日本患者群体中的可行性，并深入探究治疗前肿瘤组织及体外扩增 TIL 中的免疫组分与免疫微环境特征。研究纳入了三名临床亚型分别为黏膜型、浅表扩散型和肢端型黑色素瘤的患者，所有患者均完成了 TIL-ACT 治疗。临床反应呈现异质性：一例短期部分缓解，一例相对长期稳定，一例疾病进展。通过对治疗前肿瘤进行全外显子组和转录组分析，揭示了包括肿瘤突变负荷、免疫原性新抗原以及免疫抑制基因特征上调在内的多种免疫表型。该数据集由日本国家生物科学数据库中心（NBDC）的数据访问委员会批准发布，属于肿瘤/皮肤癌分类，来源于 ebi.ac.uk 站点。
【数据集背景】
该数据集来源于一项针对日本黑色素瘤患者的初步研究，核心背景是免疫检查点抑制剂（ICI）治疗失败后的临床困境。对于这部分难治性患者，过继细胞疗法（ACT）使用肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）被视为一种潜在的可行方案。研究的目的在于评估该疗法在日本患者中的可行性，并系统研究治疗前肿瘤组织及由此扩增的 TIL 中的免疫组分和免疫微环境。研究对象为三名临床亚型分别为黏膜型、浅表扩散型和肢端型黑色素瘤的患者，这些患者均对 ICI 治疗无响应。该研究试图通过全面分析治疗前肿瘤的基因组和转录组特征，理解不同免疫表型与临床反应之间的关联，从而为后续更大规模的研究提供初步依据。
【数据内容】
数据集包含了对三名患者治疗前肿瘤组织的全外显子组和转录组分析结果。分析揭示了多种免疫表型，具体包括肿瘤突变负荷、免疫原性新抗原以及免疫抑制基因特征的上调。此外，研究还涉及从肿瘤组织中扩增出的 TIL 的免疫组分分析。临床反应数据方面，三名患者均完成了 TIL-ACT 治疗，其中一例表现为短期部分缓解，一例为相对长期稳定，一例为疾病进展。这些数据共同构成了对 TIL-ACT 治疗可行性及免疫微环境特征的初步描述。关于数据的具体样本量、测序深度、基因表达定量值等详细参数，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。数据涉及的个人遗传数据获得了日本国家生物科学数据库中心（NBDC）数据访问委员会的批准。研究采集了日本黑色素瘤患者的治疗前肿瘤样本，并进行了全外显子组和转录组分析。患者临床亚型包括黏膜型、浅表扩散型和肢端型。所有患者均接受了 TIL-ACT 治疗并完成了治疗过程。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批编号以及数据生成的具体实验平台和流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于评估过继细胞疗法（ACT）使用肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）在日本免疫检查点抑制剂（ICI）治疗失败的黑色素瘤患者中的可行性研究。具体适用场景包括：探究治疗前肿瘤的免疫组分和免疫微环境特征，分析肿瘤突变负荷、免疫原性新抗原及免疫抑制基因特征与临床反应的关系，以及为后续针对难治性黑色素瘤的 TIL-ACT 研究提供初步的免疫表型参考。此外，该数据集也可用于比较不同临床亚型（黏膜型、浅表扩散型、肢端型）黑色素瘤在免疫治疗背景下的分子特征差异。关于该数据集是否适用于其他癌症类型或非日本人群，源站未提供。
【使用方法】
该数据集的使用需遵循日本国家生物科学数据库中心（NBDC）数据访问委员会的相关规定。由于涉及个人遗传数据，访问和使用可能需要经过相应的数据访问申请和审批流程。具体的数据下载方式、访问权限层级、所需提交的申请材料以及审批周期等操作细节，源站未提供。用户在使用时应参考 ebi.ac.uk 或 NBDC 官方发布的数据使用指南。关于数据分析的具体工具、流程或推荐参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为一项初步研究，样本量仅为三名患者，临床反应各异，包括短期部分缓解、相对长期稳定和疾病进展。因此，研究结果的普遍性和统计效力有限。数据涉及个人遗传信息，其获取和使用受到 NBDC 数据访问委员会的严格管控。关于数据的具体质量评估指标，如测序质量分数、覆盖度、重复性等，源站未提供。此外，该研究仅针对日本黑色素瘤患者，其结论是否适用于其他人群或其它亚型，尚需进一步验证。关于数据可能存在的技术偏差或生物学混杂因素，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，其个人遗传数据的发布获得了日本国家生物科学数据库中心（NBDC）数据访问委员会的批准。使用该数据集时，应遵循 NBDC 的数据共享政策和许可条款。具体的引用格式、许可协议类型（如是否允许商业使用、是否需要署名等）以及数据访问委员会批准的具体条件，源站未提供。建议用户直接查阅 ebi.ac.uk 或 NBDC 官方页面以获取准确的引用和许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB10556
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
评估在免疫检查点抑制剂（ICI）治疗失败的日本黑色素瘤患者中，使用肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）进行过继细胞治疗（ACT）的可行性，并研究治疗前肿瘤及由此扩增的TIL中的免疫组分和免疫微环境。共治疗了三例临床亚型分别为黏膜型、浅表扩散型和肢端型黑色素瘤的患者，所有患者均完成了TIL-ACT。临床疗效分别为一例短期部分缓解、一例相对长期疾病稳定和一例疾病进展。对治疗前肿瘤的全外显子组和转录分析揭示了多种免疫表型，包括具有免疫原性新抗原的肿瘤突变负荷以及免疫抑制基因特征的上调。日本国立生物科学数据库中心（NBDC）数据访问委员会批准根据NBDC数据共享指南（http://humandbs.biosciencedbc.jp/）公开这些个人遗传数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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