HistoSweep 研究多组织多疾病高分辨率 H&E 图像数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.18165537

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 12.54 GB。

数据说明

该数据集包含十一幅高分辨率苏木精-伊红（H&E）染色的组织图像，用于研究《HistoSweep enables cellular-resolution tissue quality control for gigapixel images in digital pathology and spatial omics》。这些图像经过缩放和填充预处理，以确保样本间的一致性以及与数字病理工作流程的兼容性。内容：肺非典型腺瘤样增生（AAH）和肺腺癌样本（由H. Kadara实验室提供）：Lung_AAH.zip（1张H&E切片）Lung_AD.zip（3张H&E切片）动脉粥样硬化（由L. Maegdefessel实验室提供）：（1）Xenium分析后，（2）CODEX分析后，（3）CODEX分析后的多样本组织Artery_Atherosclerosis.zip（3张H&E切片）黑色素瘤患者的淋巴结（由A. Huang实验室提供）LymphNode_Melanoma.zip（1张H&E切片）伴有肾细胞癌（RCC）的肾脏（由A. Huang实验室提供）Kidney_RCC.zip（1张H&E切片）经CosMx处理的肾脏组织（由K.

Susztak实验室）：（1）一张包含两个正常肾脏样本的图像，（2）一张包含一个正常肾脏样本和一个2型糖尿病（T2D）肾脏样本的图像 Kidney_MultiSample_T2D.zip（2张H&E切片）目的这些图像提供了一组涵盖多种组织类型和疾病背景的千兆像素H&E切片。它们可作为重现、验证和扩展使用HistoSweep所进行分析的资源，也可用于组织病理学和空间组学研究的通用用途。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。