九种犬前列腺癌细胞系RNA-seq揭示多样治疗靶点特征
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 786902），标题为九种犬前列腺癌细胞系的 RNA-seq，旨在通过转录组测序揭示多样的治疗靶点特征
基本信息
资源简介
九种犬前列腺癌细胞系RNA-seq揭示多样治疗靶点特征
PRJNA786902 是一个来自 NCBI BioProject 的转录组数据集，其英文全称为“RNA-seq of nine canine prostate cancer cell lines reveals diverse therapeutic target signatures”。该数据集围绕九种犬前列腺癌细胞系展开 RNA-seq 测序，目标是通过转录组水平的基因表达信息，揭示不同细胞系中多样化的治疗靶点特征。从分类上看，它归属于肿瘤 / 前列腺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型是转录组或基因表达相关数据。该数据集为研究者提供了一个集中获取与该项目相关多种数据类型的入口，有助于围绕犬前列腺癌的分子特征开展后续分析。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，记录编号为 786902。BioProject 是围绕某一项研究计划而组织的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。就本数据集而言，其研究背景聚焦于犬前列腺癌，通过九种细胞系的 RNA-seq 来探索治疗靶点相关的表达特征，属于肿瘤转录组研究范畴。
【数据内容】
数据集的核心内容是九种犬前列腺癌细胞系的 RNA-seq 数据，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。其标题明确指出，该测序工作旨在揭示多样的治疗靶点特征。因此，数据内容主要围绕基因表达层面的转录组信息展开，可用于观察不同细胞系之间在表达谱上的差异，并进一步关联治疗靶点特征。除标题和主题标签所反映的内容外，源站未提供更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，源站标题为“RNA-seq of nine canine prostate cancer cell lines ... (ID 786902) - BioProject - NCBI”。其来源站为 NCBI。BioProject 作为数据组织框架，汇集了与单一研究计划相关的生物数据，并链接到该项目生成的不同数据类型。关于样本采集地点、时间、具体实验流程或测序平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学、前列腺癌研究以及转录组或基因表达分析等方向。由于研究对象为犬前列腺癌细胞系，并涉及治疗靶点特征，它可用于比较不同细胞系之间的表达模式，或作为转录组层面的参考数据，支持与治疗靶点相关的探索性分析。其主题标签“Transcriptome or Gene expression”也表明，它适合用于基因表达谱相关的研究场景。除此之外，源站未提供更具体的适用场景说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 786902）访问该项目，并借助 BioProject 提供的统一入口查找与该项目相关的不同类型数据。BioProject 的设计目的正是让用户在一个记录中定位到项目所生成的多类数据链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库中的项目记录。其标题和主题标签提供了基本的研究范围与数据类型信息。然而，关于数据质量评估指标、测序深度、重复数、细胞系具体名称、数据处理方法以及潜在偏差等，源站未提供。因此，在使用时需注意这些信息的缺失，并应结合原始项目记录进一步确认。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，记录编号为 786902，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA786902
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
背景：犬前列腺腺癌（PAC）和移行细胞癌（TCC）通常以转移和化疗耐药为特征。细胞系是开发新治疗策略的重要模型系统。然而，随着细胞系适应培养条件并经历克隆选择，它们可能与其原始来源组织发生偏离。因此，对细胞系及其原始组织进行全面表征至关重要。方法：本研究比较了九株源自PAC、PAC转移灶和TCC的犬细胞系与其各自原始原发性肿瘤或转移灶组织的转录组。研究特别关注了细胞培养相关差异、上皮-间质转化（EMT）、前列腺和膀胱癌通路、PI3K-AKT信号通路中的治疗靶点，以及与多柔比星和卡铂化疗耐药相关的基因。结果：对PAC、PAC转移灶和TCC的独立分析分别显示，细胞系相对于其原始组织中有1，743、3，941和463个基因存在差异表达（DEGs）。
尽管与肿瘤微环境相关的基因在细胞系中大多下调，但患者特异性的EMT特征得以保留。此外，对前列腺癌和膀胱癌通路的检查显示，细胞系与组织之间具有广泛的一致性。有趣的是，所有细胞系均保留了下游PI3K-AKT信号传导，但各自具有独特的治疗靶点特征。此外，对多柔比星的耐药性与G2/M细胞周期转换和细胞膜生物合成相关，而卡铂耐药性则与组蛋白、m-和tRNA加工相关。结论：细胞系及其原始组织的比较全转录组分析可识别出治疗靶点表达保守的模型。此外，它还有助于选择合适的阴性对照，即缺乏
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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