治疗诱导的前列腺癌神经内分泌亚型预测预后

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1311508

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

第二代激素治疗可抑制去势抵抗性前列腺癌（CRPC），但肿瘤最终会复发为神经内分泌前列腺癌（NEPC）并转为致命。对于表现出NEPC表型的晚期CRPC，治疗选择有限，因此我们旨在阐明腺癌向神经内分泌谱系转变的机制，以指导有效治疗策略的开发。通过整合来自新鲜人CRPC病例的单细胞RNA测序数据，我们在5，797个神经内分泌样上皮细胞中鉴定出CRPC的三种 distinct 神经内分泌亚型：REST依赖性亚型（NE I）、N-Myc依赖性亚型（NE II）以及N-Myc/REST联合亚型（NE I+II）。这些亚型通过多重免疫荧光染色得到验证。单细胞轨迹分析揭示N-Myc和REST是驱动这些不同神经内分泌谱系的关键转录因子，而对公开转录组数据的多组学时间过程分析进一步重现了N-Myc和REST谱系进展。值得注意的是，我们在N-Myc谱系中观察到PSMA缺失，并确定STMN1为PSMA阴性NEPC的生物标志物。

我们进一步在TCGA数据集和60例内部CRPC组织中验证了STMN1的预后价值。我们的分析为前列腺癌的腺体向神经内分泌谱系转变提供了有价值的见解，为早期检测致死性NEPC表型提供了一种强大的工具，并指导晚期CRPC的177Lu-PSMA-617治疗。总体设计：在台北荣民总医院（TVGH）收集了三例转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）样本和一例激素敏感性前列腺癌（HSPC）样本。所得细胞悬液通过Ficoll密度梯度离心富集活细胞，随后进行单细胞RNA测序分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。