基本信息

模态

基因组

任务类型

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

前列腺肿瘤相关基质细胞基因表达下调涉及器官特异性基因

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项人类转录组研究项目，英文名称为“PRJNA119977: Gene expression down-regulation in prostate tumor-associated stromal cells involves organ-specific genes”，源站标题标注为“Homo sapiens (ID 119977) - BioProject - NCBI”。其研究主题聚焦于人类前列腺肿瘤相关基质细胞中基因表达的下调现象，并指出这一过程涉及器官特异性基因。从分类上看，该数据集归属于肿瘤／前列腺癌方向，数据类型为转录组或基因表达。BioProject 作为生物数据集合，通常围绕某一项研究计划汇集来自单一机构或联合体的多类生物学数据，并为用户提供统一入口以查找该项目所产生的不同类型数据。该数据集正是这一框架下针对前列腺癌肿瘤微环境基因表达调控问题的专门记录。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 119977，物种为 Homo sapiens。其标题明确指向一个具体的研究问题：前列腺肿瘤相关基质细胞中的基因表达下调，并且这种下调涉及器官特异性基因。前列腺癌的发生发展不仅取决于肿瘤上皮细胞本身，也与周围基质微环境的改变密切相关。肿瘤相关基质细胞在基因表达层面的变化，可能影响肿瘤与周围组织之间的相互作用。该 BioProject 记录为围绕这一研究目标所产生的生物学数据提供了集中索引，使用户能够从单一入口定位到该项目关联的多种数据类型。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据属于转录组或基因表达范畴。

【数据内容】

该数据集的内容围绕人类前列腺肿瘤相关基质细胞的基因表达下调展开，重点关注器官特异性基因在这一过程中的参与。数据类型被标注为转录组或基因表达，意味着项目产生的数据应涉及对 RNA 转录本丰度的检测与分析，用于比较肿瘤相关基质细胞与对照条件下基因表达水平的差异。项目标题所强调的“down-regulation”提示研究关注表达量降低的基因，而“organ-specific genes”则提示分析范围涉及具有器官特异性的基因集合。除上述主题信息外，关于样本数量、测序平台、具体基因列表、表达倍数变化阈值等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条记录，项目 ID 为 119977，物种标注为 Homo sapiens。BioProject 作为数据组织框架，汇集与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据可能来自单一组织或联合体。该记录为用户提供查找该项目所生成的不同类型数据的链接入口。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体研究机构或联合体名称等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于前列腺癌肿瘤微环境相关的研究场景，尤其是关注肿瘤相关基质细胞基因表达变化的分析工作。研究人员可利用该 BioProject 记录定位与前列腺肿瘤基质细胞基因下调相关的转录组数据，用于探索器官特异性基因在肿瘤基质中的作用。此外，该数据集也可作为转录组或基因表达数据挖掘、差异表达分析、肿瘤微环境比较研究等工作的数据来源之一。对于希望了解 NCBI BioProject 中前列腺癌相关项目组织方式的用户，该记录亦具有参考价值。关于具体分析流程或推荐工具，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 119977 或数据集英文名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录的设计目的是提供单一入口，使用户能够找到该项目产生的多种数据类型及其链接。用户可依据页面提供的链接进一步获取关联的转录组或基因表达数据。关于数据下载格式、预处理步骤、分析软件推荐等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 中的项目记录，其质量依赖于源站的数据管理与注释规范。由于当前信息仅涵盖项目标题、物种、主题标签和分类等元数据层面，关于样本质量、测序深度、数据完整性、批次效应控制等具体质量指标，源站未提供。该数据集的主题聚焦于前列腺肿瘤相关基质细胞的基因表达下调，其结论适用范围应限定于该研究背景。关于数据的具体限制条件、使用约束或技术注意事项，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 119977。关于该数据集的正式引用格式、文献出处、许可协议或使用条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关政策与要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE17906

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA119977

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

前列腺基质是上皮分化和发育的关键介质，并可能在前列腺癌的发生和发展中发挥作用。分离并表征前列腺肿瘤组成细胞类型的存活群体，可为癌症生物学提供宝贵见解。通过细胞分选技术从肿瘤标本中分离出CD90+基质纤维肌细胞，并采用DNA微阵列进行分析。通过数据集分析，比较正常与肿瘤相关反应性基质细胞之间的基因表达。反应性基质的特征在于平滑肌分化，前列腺中SPOCK3、MSMB、CXCL13和PAGE4的下调，膀胱中TRPA1、HSD17B2、IL24和SALL1的下调，以及CXC趋化因子的上调。本研究在CD90+反应性基质细胞中鉴定出一组差异表达基因，这些基因可能参与器官发育和平滑肌细胞分化。

总体设计：共运行了15个阵列，涉及从10名患者获取的以下样本类型：2例CD90+前列腺肿瘤相关基质：患者1：CP_Str_08-028_CD90posi 患者2：08-032_CP_strom_CD90posi 2例CD13+正常膀胱基质：患者3：06-125_NB_CD13posi 患者4：06-070_NB_str_CD13posi 1例CD13+膀胱肿瘤相关基质：患者5：07-008_CB_str_CD13posi 5例前列腺癌全组织及5例匹配的正常组织：患者6：05-206_CaP，05-206_NP 患者7：05-213_CaP，05-213_NP 患者8：05-214_CaP，05-214_NP 患者9：05-218_CaP，05-218_NP 患者10：05-220_CaP，05-220_NP 此外，还针对从7名患者获取的以下样本类型运行了8个阵列：5例CD49a+正常前列腺基质（PMID 16638148）：患者1：CD49a_01-26-04 患者2：CD49a_03-23-04 患者3：CD49a_03-04-04 患者4：CD49a-1_06-02-04 患者5：CD49a-4_06-02-04 3例CD26+前列腺癌（2个生物学重复，1个样本运行两次）：患者6：05-179_CD26t 患者6：05-179_CD26t_2

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别