基于MIEN1的肽段LA3IK对EGF诱导的PC3前列腺癌细胞在0小时、30分钟、1小时和6小时时间点基因表达的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1169901

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该RNA-seq数据集研究了基于MIEN1的肽LA3IK对EGF诱导的PC3前列腺癌细胞在四个不同时间点（0小时（未处理）、30分钟、1小时和6小时）基因表达模式的影响。EGF刺激用于激活参与细胞增殖和存活的关键信号通路，模拟与癌症进展相关的条件。引入设计靶向MIEN1的LA3IK肽，以评估其对EGF转录组反应随时间的调节作用。通过捕获这些时间间隔的基因表达变化，本研究旨在识别受LA3IK影响的特定分子通路和基因网络，为其在调节前列腺癌中EGF驱动的致癌过程中的潜在治疗作用提供见解。这些数据将有助于更好地理解LA3IK如何可能破坏促肿瘤信号及其在癌症治疗中的可能应用。总体设计：PC3前列腺癌细胞经无血清饥饿处理24小时，然后在含0.1% FBS的培养基中用EGF和基于MIEN1的肽LA3IK处理。

在治疗后0小时、30分钟、1小时和6小时收集RNA，每个时间点设置三个生物学重复。提取总RNA，制备RNA-seq文库，并在Illumina NextSeq 550测序系统上进行75-bp双端测序。为处理测序数据，使用Fastp对原始文件进行接头修剪和质量过滤。使用HISAT2将reads比对到hg38参考基因组。对于差异基因表达分析，使用Deseq2工具。该设计评估LA3IK在EGF刺激的细胞中如何随时间调节基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。