LNCaP与HCT116细胞小于200核苷酸非编码RNA小RNA测序
本项目研究了从细胞中提取的非编码RNA与化合物之间的特异性相互作用。使用McCoy's 5A培养基（FBS 10%），我们将人前列腺癌细胞LNCaP传代四次、人结直肠癌细胞HCT116传代两次
基本信息
资源简介
LNCaP与HCT116细胞小于200核苷酸非编码RNA小RNA测序
PRJDB17863 是一项小 RNA 测序数据集，聚焦于从人前列腺癌细胞 LNCaP 与人结直肠癌细胞 HCT116 中提取的长度小于 200 个核苷酸的非编码 RNA，并考察这些 RNA 与化合物之间的特异性相互作用。项目在细胞培养、总 RNA 提取、小 RNA 纯化以及基于 NHS 磁珠的化合物结合筛选等环节建立了实验流程，最终构建了包含化合物结合 RNA、天然小 RNA 以及磁珠结合 RNA 在内的多个测序样本。该数据集属于肿瘤/前列腺癌分类，来源为 ebi.ac.uk，可为研究非编码 RNA 与化合物的相互作用提供原始测序资源。
【数据集背景】
非编码 RNA 在细胞调控过程中具有广泛功能，而小 RNA（长度小于 200 个核苷酸）是其中一类重要的分子群体。理解这些小 RNA 与化合物之间的特异性结合关系，有助于从分子层面认识化合物对肿瘤细胞的作用方式。本项目以人前列腺癌细胞 LNCaP 和人结直肠癌细胞 HCT116 为研究对象，围绕小 RNA 与化合物的结合行为开展测序研究，属于肿瘤特别是前列腺癌相关的基础研究范畴。
【数据内容】
该数据集为小 RNA 测序数据，测序对象是从 LNCaP 与 HCT116 细胞中提取的长度小于 200 个核苷酸的非编码 RNA。样本组成包括：针对 3 种化合物分别制备的化合物结合 RNA 样本，共 3 个；1 个天然 LNCaP 小 RNA 样本；1 个磁珠结合 RNA 样本，合计 5 个 LNCaP RNA 样本。此外还制备了 1 个天然 HCT116 小 RNA 样本。源站描述在提及序列文库构建处中断，未完整给出后续内容。
【采集与来源】
细胞培养使用 McCoy's 5A 培养基（含 10% FBS），LNCaP 细胞传代四次，HCT116 细胞传代两次。每个培养皿中的细胞溶解于含胍盐的溶液 D 中以抑制核糖核酸酶，并于 -80 摄氏度保存。按照酸-胍-酚-氯仿法提取总 RNA 后，通过层析柱纯化长度小于 200 个核苷酸的小 RNA。随后利用偶联化合物的 NHS 磁珠进行结合实验，提取与化合物结合的小 RNA。数据来源站为 ebi.ac.uk。
【适用场景】
该数据集适用于研究非编码 RNA 与化合物的特异性相互作用，可用于比较不同化合物结合小 RNA 的组成差异，也可用于对比 LNCaP 与 HCT116 两种肿瘤细胞来源小 RNA 的特征。其肿瘤/前列腺癌分类表明其在前列腺癌相关分子机制研究中具有潜在应用价值。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB17863
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目研究了从细胞中提取的非编码RNA与化合物之间的特异性相互作用。使用McCoy’s 5A培养基（FBS 10%），我们将人前列腺癌细胞LNCaP传代四次，将人结直肠癌细胞HCT116传代两次。每个培养皿中的细胞溶解于含胍盐的溶液D中以抑制核糖核酸酶，并保存于-80℃。按照酸-胍-酚-氯仿法提取总RNA后，通过柱纯化获得小于200个核苷酸的小RNA。通过与连接化合物的NHS磁珠进行结合实验，提取了化合物与LNCaP小RNA的结合产物。我们制备了5份LNCaP RNA样本：3种化合物各自的化合物结合RNA样本、天然LNCaP小RNA样本以及磁珠结合RNA样本。此外，我们还制备了天然HCT116小RNA样本。使用Illumina的TruSeq small RNA Library Kit SetA制备测序文库，并使用Illumina的MiSeq进行测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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