肠道菌群16S rRNA测序数据集：前列腺癌患者与健康对照（10对10）

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23312321

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 4.2 MB。

数据说明

本数据集支持手稿《芪蓣饮通过肠-前列腺轴减弱前列腺癌：一项临床16S rRNA测序和LC-MS/MS研究，结合网络药理学和孟德尔随机化》。== 内容 == 1) 临床16S rRNA测序数据（版本1）来自临床队列（10名前列腺癌患者 vs 10名匹配对照）的处理后数据：ASV丰度表、分类学注释、代表性序列、每样本质量控制统计，以及完整的分析代码（ANCOM-BC / MaAsLin2差异分析，校正年龄和BMI并采用FDR校正，PERMANOVA，以及随机森林诊断模型）。由于原始reads（FASTQ）已无法从测序提供商处获取，手稿中的所有下游结果均可从所提交的处理后数据完全重现。

2. 分子动力学模拟数据（在版本2中添加）- md_analysis/：针对4个化合物-RARB复合物 × 3个重复 × 100 ns的每个重复轨迹分析（每帧C-α和配体RMSD、氢键占有率、每残基接触频率）。- mmgbsa/：所有12个重复的每快照MM-GBSA自由能结果以及汇总表。- structures/：平衡后的复合物结构（NVT/NPT后）和apo受体（PDB 4DM6，链A）。- docking/：用作MD起始结构的对接构象（PDBQT）。- scripts/：完整的可复现流程（使用OpenFF 2.2.1/NAGL电荷 + Amber14/TIP3P进行系统设置，平衡和3 × 100 ns生产协议，GBn2隐式溶剂MM-GBSA，以及分析和绘图脚本）。模拟摘要：OpenMM 8.6.1（CUDA），300 K / 1 atm，Amber14 + OpenFF 2.2.1与NAGL GNN电荷，TIP3P显式溶剂；每个复合物3次独立的100 ns生产运行，并重新随机化初始速度。MM-GBSA在平衡快照上使用GBn2隐式溶剂模型。完整的DCD轨迹文件（约60 GB）因大小原因未存放，可从通讯作者处获取（zhj132352@16

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。