GDC ORGANOID-PANCREATIC：胰腺癌类器官图谱
该数据集来自 GDC 的 ORGANOID-PANCREATIC 项目，聚焦胰腺癌类器官图谱，原发部位为胰腺，疾病类型涵盖 Unknown 以及腺瘤和腺癌
基本信息
资源简介
GDC ORGANOID-PANCREATIC：胰腺癌类器官图谱
GDC ORGANOID-PANCREATIC: Pancreas Cancer Organoid Profiling 是一个聚焦胰腺癌类器官图谱的肿瘤基因组学数据集，归属于 NCI Genomic Data Commons（GDC）的 ORGANOID 项目。该数据集以胰腺（Pancreas）为原发部位，疾病类型涵盖 Unknown 以及腺瘤和腺癌（Adenomas and Adenocarcinomas），共收录 70 例病例、966 个文件，总体数据规模约 20439.0 GB。作为 GDC 协调统一的癌症基因组学项目，它整合了临床、生物样本、RNA-Seq、WXS、甲基化以及影像等多类数据，并区分开放获取与受控访问两个层级，可供胰腺癌类器官相关研究使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 portal.gdc.cancer.gov，是 GDC 项目 ORGANOID-PANCREATIC（Pancreas Cancer Organoid Profiling）的组成部分。其所属项目为 ORGANOID，原发部位为胰腺，疾病类型包括 Unknown 以及腺瘤和腺癌。GDC 作为 NCI 协调统一的癌症基因组学平台，为该数据集提供了标准化的数据组织框架。该数据集在分类上属于肿瘤 / 胰腺癌方向，主题标签同样为 Unknown 与腺瘤和腺癌。
【数据内容】
数据集共包含 70 例病例和 966 个文件，总大小约 20439.0 GB。数据类别覆盖临床数据、生物样本数据、RNA-Seq、WXS、甲基化以及影像数据。数据访问分为开放获取与受控访问两个层级。上述内容即为该数据集在数据内容层面的已知信息，更细粒度的字段、样本对应关系与文件级说明源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 portal.gdc.cancer.gov，属于 NCI Genomic Data Commons harmonized cancer genomics project。其项目名称为 ORGANOID-PANCREATIC，项目代号为 ORGANOID，原发部位为胰腺。关于具体的样本采集流程、伦理审批信息、机构来源与时间范围，源站未提供。
【适用场景】
基于其覆盖的临床、生物样本、RNA-Seq、WXS、甲基化和影像数据，该数据集适用于胰腺癌类器官相关的基因组学与多组学研究场景，例如围绕腺瘤和腺癌的分子特征分析、类器官模型与组学数据的联合使用等。由于数据分为开放与受控两个访问层级，不同使用目的可对应不同的获取路径。具体的研究适用方向与推荐分析流程，源站未提供。
【使用方法】
该数据集通过 portal.gdc.cancer.gov 提供访问，数据按开放获取与受控访问两个层级组织。使用者需根据自身权限与数据层级选择相应的获取方式。关于下载工具、检索接口、文件组织格式与具体操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集由 GDC 作为协调统一的癌症基因组学项目发布，数据类别涵盖临床、生物样本、RNA-Seq、WXS、甲基化与影像。其疾病类型中包含 Unknown 类别，可能对按疾病类型筛选造成一定影响。关于数据质量评估指标、缺失情况、批次效应与其它技术限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 portal.gdc.cancer.gov 的 GDC 项目 ORGANOID-PANCREATIC，属于 NCI Genomic Data Commons harmonized cancer genomics project，数据分为开放获取与受控访问两个层级。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://portal.gdc.cancer.gov/projects/ORGANOID-PANCREATIC
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 21946.23 GB。
数据说明
GDC project ORGANOID-PANCREATIC (Pancreas Cancer Organoid Profiling). Primary site: Pancreas. Disease type: Unknown, Adenomas and Adenocarcinomas. Program: ORGANOID. Cases: 70. Files: 966. Total size: 20439.0 GB. NCI Genomic Data Commons harmonized cancer genomics project (clinical, biospecimen, RNA-Seq, WXS, methylation and imaging data; open and controlled access tiers).
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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