移植 mT3 肿瘤的单细胞 RNA 测序（scRNAseq）

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A96ca66e3c7d2fed78c9bc85001a9acd20a7405c6cea4d17e5d7b1bfff80f0e8e

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景与目的：胰腺导管腺癌（PDAC）以纤维化和大量癌相关成纤维细胞（CAFs）为特征。我们研究了破坏CAFs、免疫系统与癌细胞之间相互作用的策略，重点关注黏附分子钙黏蛋白11（CDH11），该分子与其他纤维化疾病相关，并由活化的成纤维细胞表达。方法：我们比较了人胰腺炎和胰腺癌组织及细胞中CDH11 mRNA水平与正常胰腺的差异，并检测了人和小鼠胰腺病变及正常组织中CDH11蛋白水平。我们将p48-Cre;LSL-Kras G12D/+;LSL-Trp53 R172H/+（KPC）小鼠与CDH11敲除小鼠杂交，并测量子代生存时间。收集胰腺并通过组织学、免疫组织化学和（单细胞）RNA测序进行分析；通过成像质谱流式技术鉴定RNA和蛋白质。部分小鼠接受PD1抗体或吉西他滨注射，并监测生存情况。将KPC小鼠的胰腺癌细胞皮下注射到Cdh11 +/+和Cdh11 –/–小鼠中，并监测肿瘤生长。

将来自KPC小鼠（C57BL/6）的胰腺癌细胞（mT3）皮下注射到Cdh11 +/+（C57BL/6J）小鼠体内，并给小鼠注射抗CDH11抗体、吉西他滨或CDH11小分子抑制剂（SD133），监测肿瘤生长。结果：CAFs中CDH11 mRNA和蛋白水平显著高于胰腺癌上皮细胞、人或小鼠胰腺癌细胞系或免疫细胞。KPC/ Cdh11 +/– 和KPC/ Cdh11 –/– 小鼠的生存期显著长于KPC/ Cdh11 +/+ 小鼠。在KPC/ Cdh11 +/+ 小鼠中，基质活化标志物完全包围胰腺上皮内瘤变，而在KPC/ Cdh11 +/– 和KPC/ Cdh11 –/– 小鼠中则不完全包围，且后者的病变在肿瘤中心也含有较少的FOXP3 + 细胞。与胰腺肿瘤相比

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。