野生型与POSTN敲除TNBC小鼠骨转移组织RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.45727

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含在左心室注射诱导的4T1骨转移模型中，从Postn+/+和Postn−/−小鼠骨髓中分离出的4T1肿瘤细胞的转录组图谱。共包括三组样本：CTRL_4T1（对照组）、WT_4T1（携带4T1肿瘤的Postn+/+小鼠）和KO_4T1（携带4T1肿瘤的Postn−/−小鼠）。RNA测序数据由分离的骨髓来源4T1肿瘤细胞使用Illumina测序平台生成。测序reads经过质量控制流程处理，并比对到参考小鼠基因组。基因表达水平使用featureCounts进行定量，并以每千碱基转录本每百万比对reads的片段数（FPKM）进行归一化。该数据集包含处理后的RNA测序表达矩阵，包括原始reads计数和归一化FPKM表达值。在表达矩阵文件中，行代表基因，列代表单个生物学样本。进行了差异表达分析，以鉴定不同实验组之间的转录差异。

差异表达文件包含基因标识符、基因名称、log2倍数变化、p值及校正后p值（错误发现率，FDR）。同时提供了功能富集分析，包括基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，以表征与宿主POSTN状态改变诱导的转录调控相关的生物过程和信号通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。