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创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

PRJNA702536：缺氧结肠癌细胞中JMJD1A和JMJD2B靶基因的鉴定

该数据集来自 NCBI，主题为缺氧条件下结肠癌细胞中 JMJD1A 与 JMJD2B 靶基因的鉴定，属于肿瘤领域的转录组或基因表达数据。缺氧诱导因子可诱导组蛋白去甲基化酶 JMJD1A（KDM3A）和 JMJD2B（KDM4B）的表达，从而将缺氧肿瘤微环境与可能促进肿瘤进展的表观遗传机制联系起来。该数据集收录了将结肠癌细胞暴露于缺氧条件并联合 siRNA 介导敲低上述两种缺氧诱导型组蛋白去甲基化酶后获得的表达数据，共分析 18 个样本。数据经 log2 转化和归一化后，用于下游成对比较分析。

【数据集背景】

缺氧是实体肿瘤微环境的常见特征之一。缺氧诱导因子能够诱导组蛋白去甲基化酶 JMJD1A（KDM3A）和 JMJD2B（KDM4B）的表达，这一机制将缺氧肿瘤微环境与表观遗传调控联系起来，并可能促进肿瘤进展。该数据集正是围绕这一背景，针对结肠癌细胞，在缺氧暴露与 siRNA 介导的 JMJD1A、JMJD2B 敲低条件下获取表达数据，以鉴定这两种组蛋白去甲基化酶的靶基因。

【数据内容】

该数据集属于转录组或基因表达类别，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。整体设计共分析 18 个样本。数据以 log2 转化后的归一化信号强度用于下游成对比较，比较在 Partek Genomic Suite 中完成。涉及的成对比较方向包括：SiControl-Normoxia 对 SiJMJD1A-Normoxia、SiJMJD1A-Normoxia 对 SiControl-Normoxia、SiControl-Normoxia 对 SiJMJD2B-Normoxia、SiJMJD2B-Normoxia 对 SiControl-Normoxia、SiControl-Hypoxia 对 SiControl-Normoxia、SiControl-Normoxia 对 SiControl-Hypoxia、SiControl-Hypoxia 对 SiJMJD1A-Hypoxia、SiJMJD1A-Hypoxia 对 SiControl-Hypoxia 等。这些比较覆盖了常氧与缺氧条件，以及对照与 JMJD1A、JMJD2B 敲低之间的组合。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据集英文名称为 PRJNA702536: Identification of JMJD1A and JMJD2B target genes in hypoxic colon carcinoma cells。本站分类为肿瘤 / 其他。其余关于样本采集地点、采集时间、实验平台型号、测序深度等具体采集信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其内容，该数据集适用于研究缺氧肿瘤微环境与表观遗传调控之间的关系，尤其是结肠癌细胞中 JMJD1A（KDM3A）和 JMJD2B（KDM4B）在缺氧条件下的靶基因鉴定。也可用于分析 siRNA 敲低这两种组蛋白去甲基化酶后基因表达的变化，以及常氧与缺氧条件之间表达差异的比较。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

数据以 log2 转化后的归一化信号强度形式提供，可用于下游成对比较。源站描述中给出的比较在 Partek Genomic Suite 中完成，比较方向包括对照与 JMJD1A 或 JMJD2B 敲低之间、常氧与缺氧之间，以及缺氧条件下对照与敲低之间的多个组合。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤或分析参数的进一步说明，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集共分析 18 个样本，并使用 log2 转化后的归一化信号强度进行成对比较。关于样本质量评估、批次效应、技术重复、验证实验或数据完整性等具体质量信息，源站未提供。使用时应结合源站提供的原始描述进行判断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE166991

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA702536

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

缺氧诱导因子可诱导组蛋白去甲基化酶JMJD1A（KDM3A）和JMJD2B（KDM4B）的表达，从而将缺氧肿瘤微环境与可能促进肿瘤进展的表观遗传机制联系起来。该数据集包含将结肠癌细胞暴露于缺氧条件并结合siRNA介导的缺氧诱导型组蛋白去甲基化酶JMJD1A和JMJD2B敲低所获得的表达数据。总体设计：共分析18个样本。采用经log2转换的归一化信号强度进行下游成对比较（使用Partek Genomic Suite）：SiControl-常氧>SiJMJD1A-常氧；SiJMJD1A-常氧>SiControl-常氧；SiControl-常氧>SiJMJD2B-常氧；SiJMJD2B-常氧>SiControl-常氧；SiControl-缺氧>SiControl-常氧；SiControl-常氧>SiControl-缺氧；SiControl-缺氧>SiJMJD1A-缺氧；SiJMJD1A-缺氧>SiControl-缺氧；SiControl-缺氧>SiJMJD2B-缺氧；SiJMJD2B-缺氧>SiControl-缺氧。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别