PRJNA688091：非肌层浸润性膀胱癌预后相关基因的RNA-seq表达谱分析
其目标是通过表达谱分析识别与非肌层浸润性膀胱癌预后相关的基因。数据覆盖转录组层面的基因表达信息，可用于探索预后相关基因、开展表达谱比较与预后预测建模等分析（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA688091：非肌层浸润性膀胱癌预后相关基因的RNA-seq表达谱分析
PRJNA688091 是一个围绕非肌层浸润性膀胱癌预后相关基因识别而建立的 RNA-seq 表达谱数据集。其核心目标是通过转录组层面的表达谱分析，寻找与非肌层浸润性膀胱癌预后相关的基因，为后续的预后预测建模、表达谱比较以及相关基因探索提供数据基础。该数据集在 NCBI 的 BioProject 体系下登记，主题标签为转录组或基因表达，本站将其归入肿瘤 / 其他类别。整体来看，它面向的是膀胱癌转录组研究与预后标志物发现这一方向，适合需要从基因表达层面理解非肌层浸润性膀胱癌生物学特征的研究者使用。
【数据集背景】
非肌层浸润性膀胱癌是膀胱癌中较为常见的一类，其预后差异较大，因此识别能够提示预后情况的基因具有重要意义。该数据集正是围绕这一需求而设立，英文名称明确指向“通过 RNA-seq 表达谱分析识别与非肌层浸润性膀胱癌预后相关的基因”。它属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录，BioProject 用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据，便于用户从一个入口找到该项目所产生的不同类型数据。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其关注点集中在转录组和基因表达层面，而非基因组变异、蛋白表达或其他组学层面。
【数据内容】
该数据集提供的是 RNA-seq 表达谱数据，覆盖转录组层面的基因表达信息。其用途在于探索与非肌层浸润性膀胱癌预后相关的基因，并支持表达谱比较与预后预测建模等分析。源站描述指出，BioProject 记录本身是一个项目层面的入口，用于链接该项目生成的不同数据类型，因此该数据集的核心内容应理解为与该项目相关的 RNA-seq 表达谱信息，而非单一的一张表达矩阵或一份临床注释表。关于样本数量、测序平台、 reads 长度、表达定量方法、是否包含临床随访信息等具体细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI，具体登记在 BioProject 数据库中，项目编号为 PRJNA688091。源站标题显示其与“Expression profiling by RNA-seq for identifying ge...”相关，完整英文名已在前文说明。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准、伦理审批信息、测序机构等具体采集背景，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下方向：一是探索与非肌层浸润性膀胱癌预后相关的基因；二是开展转录组层面的表达谱比较；三是用于预后预测建模等分析。由于主题标签为转录组或基因表达，它也可作为膀胱癌基因表达研究的基础数据资源，供研究者进行差异表达分析、共表达分析或候选标志物筛选等探索性工作。需要强调的是，这些适用方向均来自该数据集的目标定位与主题标签，具体分析能否实施还取决于数据中是否包含相应的样本分组、临床结局等信息，而这些信息源站未提供。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 记录入口访问该项目，并借助 BioProject 提供的链接查找该项目生成的不同数据类型。由于 BioProject 的设计目的是为用户提供一个集中位置来发现与某一项目相关的多种数据，因此使用时应先确认该项目下关联的 RNA-seq 数据所在的具体数据库或下载渠道，再根据研究目的获取表达谱数据。关于具体的下载方式、文件格式、数据处理流程、是否提供原始测序数据或仅提供处理后表达矩阵等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集登记于 NCBI BioProject，属于项目层面的记录，其质量与限制取决于项目本身所提交的数据及关联信息。源站描述仅说明 BioProject 是相关生物数据的集合，并未对该数据集的质量、完整性、样本量、测序深度或分析可靠性作出评价。因此，关于数据质量指标、批次效应、样本代表性、临床信息完整性等具体限制，源站未提供。使用者在开展预后相关分析前，应自行核查项目关联数据的实际情况。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI，项目编号为 PRJNA688091。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权要求，源站未提供。使用者应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关使用规范，并在发表成果时按照项目页面或关联数据页面所给出的引用要求进行引用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA688091
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）在临床上具有异质性，许多NMIBC患者对治疗无反应，并频繁经历疾病复发。我们旨在识别NMIBC异质性的预后和预测特征。我们通过RNA-seq实验构建了一个转录组数据集，该数据集来自一个独立的NMIBC患者队列（n=32）。该队列包含被分为三个预后亚组的患者：第1组（未复发患者；n=15），第2组（经历复发患者；n=9），和第3组（经历进展患者；n=8）。总体设计：我们生成了32个样本的RNA-seq数据集，这些样本被分为三个预后亚组：第1组（未复发患者；n=15），第2组（经历复发患者；n=9），和第3组（经历进展患者；n=8）。根据制造商的协议，使用RNeasy Mini Kit（Qiagen，CA，USA）分离总RNA。通过琼脂糖凝胶电泳和溴化乙锭染色，随后在紫外光下进行视觉检查，确认了RNA的质量和完整性。
测序文库采用TruSeq RNA Sample Preparation kit v2（Illumina，CA，USA）按照制造商说明进行制备。简言之，使用poly-T寡核苷酸偶联磁珠从总RNA中纯化mRNA，片段化并逆转录为cDNA。随后将接头连接至cDNA，并通过PCR扩增片段。采用HiSeq 2500平台（Illumina）进行双端测序（2×150 bp）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
