乳腺肿瘤基质单细胞图谱揭示癌症相关成纤维细胞随肿瘤进展的动态演化（scRNA-seq数据集）
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 scRNA-seq 数据集，英文名为 PRJNA629492，主题为乳腺肿瘤间质单细胞图谱，旨在揭示肿瘤进展过程中癌症相关成纤维细胞组成的动态演化
基本信息
资源简介
乳腺肿瘤基质单细胞图谱揭示癌症相关成纤维细胞随肿瘤进展的动态演化（scRNA-seq数据集）
PRJNA629492 是一个收录于 NCBI BioProject 的 scRNA-seq 数据集，英文全称为 Single cell mapping of breast tumor stroma reveals dynamically evolving compositions of cancer-associated fibroblasts along tumor progression。该数据集以乳腺肿瘤间质为研究对象，通过单细胞转录组测序手段，构建肿瘤间质细胞的单细胞图谱，核心目标在于揭示肿瘤进展过程中癌症相关成纤维细胞组成的动态演化规律。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站将其归类于肿瘤 / 其他方向。作为 BioProject 体系下的一项记录，该数据集为研究者提供了一个集中获取该项目所产生多种类型数据的入口，便于围绕乳腺肿瘤微环境与间质细胞异质性开展深入探索。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种数据组织方式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据，这些数据来源于单一机构或某一联合体。BioProject 记录的价值在于，它为用户提供了一个统一的位置，用以查找该项目所产生的各类不同数据类型之间的链接。PRJNA629492 正是在这一框架下登记的项目，其研究主题聚焦于乳腺肿瘤间质，尤其是癌症相关成纤维细胞在肿瘤进展过程中的动态变化。肿瘤间质作为肿瘤微环境的重要组成部分，其细胞组成的演化与肿瘤发展密切相关，而单细胞转录组测序为解析这种细胞层面的异质性提供了有力工具。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。结合其英文名称可知，该数据集为单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据集，研究对象为乳腺肿瘤间质，研究重点在于绘制间质细胞的单细胞图谱，并刻画癌症相关成纤维细胞随肿瘤进展而发生的组成动态演化。关于具体的细胞数量、测序深度、基因数目、样本分组等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 BioProject - NCBI。其登记标识为 PRJNA629492。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、测序平台及建库策略等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究方向，尤其是围绕乳腺肿瘤间质、肿瘤微环境、癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤进展中动态变化的研究。借助单细胞转录组数据，研究者可用于探索间质细胞亚群的组成与演化、细胞状态转变以及细胞间相互作用的潜在机制。关于该数据集在其他具体场景下的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 记录获取，BioProject 记录为用户提供查找该项目所产生各类数据类型的链接入口。关于数据的具体下载方式、文件格式、分析流程或配套工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 scRNA-seq 数据集，其质量与限制的具体信息，如数据完整性、批次效应、细胞捕获效率、注释可靠性等，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA629492
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肿瘤是复杂的生态系统，其中恶性细胞和非恶性细胞不断相互作用。癌症相关成纤维细胞（CAFs）在大多数癌中是数量最多的非恶性细胞。CAFs所执行的广泛活动表明其组成具有动态性和异质性，然而肿瘤浸润性CAF亚群的特征仍鲜为人知。在此，我们使用单细胞RNA测序、索引分选和批量RNA测序来绘制肿瘤进展和转移不同阶段的CAFs图谱。总体设计：将4T1-luc细胞原位注射到BALB/c雌性小鼠的乳腺脂肪垫中。注射后两周或四周收集肿瘤。从naïve小鼠收集乳腺组织（正常乳腺脂肪垫），并在注射后五周收集肺转移灶。随后将组织解离并进行单细胞分选以进行MARS测序，使用以下门控策略选择基质细胞：PI- /Ter119-/ CD45-/ EpCAM-。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
