基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

脑转移瘤转录组可塑性与基质相互作用标志 [BrainMet_SQ_2D]

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 PRJNA475787，英文名称为 PRJNA475787: Transcriptomic hallmarks of tumor plasticity and stromal interactions in brain metastasis [BrainMet_SQ_2D]。其源站标题为“Transcriptomic hallmarks of tumor plasticity and s... (ID 475787) - BioProject - NCBI”，本站分类归入肿瘤 / 其他，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。项目主题标签为 Transcriptome or Gene expression，子集标记为 BrainMet_SQ_2D。整体来看，该数据集围绕脑转移瘤中肿瘤可塑性与基质相互作用的转录组标志展开，属于转录组或基因表达类生物项目数据，可用于查找该项目所关联的多种数据类型。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA475787。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集生物数据的集合，这些数据可来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找为该项目生成的多种数据类型。该项目的标题指向脑转移瘤中肿瘤可塑性与基质相互作用的转录组标志，子集标记为 BrainMet_SQ_2D。本站将其分类为肿瘤 / 其他，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其核心内容与基因表达和转录组研究相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容属于转录组或基因表达范畴。项目标题涉及脑转移瘤可塑性与基质相互作用的转录组标志，子集标记为 BrainMet_SQ_2D。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、具体基因列表、表达矩阵、测序平台或分析结果的进一步说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的记录，编号 PRJNA475787。BioProject 记录汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可来自单一组织或联合体，并提供统一入口以链接该项目生成的不同数据类型。关于具体样本采集方式、实验设计、测序方法或数据处理流程，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和项目标题，该数据集适用于与转录组或基因表达相关的检索与数据发现场景，尤其是围绕脑转移瘤中肿瘤可塑性与基质相互作用这一研究方向的生物项目数据查找。用户可通过 BioProject 记录定位该项目所关联的多种数据类型。关于更具体的适用分析场景或研究用途，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录访问，编号为 PRJNA475787。BioProject 记录为用户提供单一入口，用于查找为该项目生成的多种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析工具或具体操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于生物项目记录。关于数据质量指标、完整性、批次效应、样本代表性或技术偏差等信息，源站未提供。使用时需注意，当前可确认的信息仅限于项目编号、标题、主题标签、分类和子集标记等，其他质量相关细节源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 记录。关于引用方式、许可条款、使用限制或授权要求，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE115700

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA475787

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们发现，与在单层培养或皮下生长的肿瘤细胞相比，在脑微环境中生长的恶性LUAD肿瘤细胞展现出显著改变的转录组谱。此外，我们还描述了周围脑基质对转移性LUAD的相互神经炎症反应。此数据集可用于探究LUAD细胞可塑性的机制以及脑微环境对转移性疾病的共同适应。总体设计：检查在不同微环境（即脑、皮下、单层培养）中生长的LUAD细胞的转录组谱，以及荷瘤大脑中基质相应的基因表达变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别