c-Met 激活导致膀胱癌侵袭所需 TGFb 调控网络的建立

该数据集来自 NCBI BioProject(编号 413704),主题为 c-Met 激活导致膀胱癌侵袭所需 TGFb 调控网络的建立,属于肿瘤领域的转录组或基因表达数据

sra
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时间序列分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA413704: c-Met activation leads to the establishment of a TGFb regulatory network required for bladder cancer invasion

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

c-Met 激活导致膀胱癌侵袭所需 TGFb 调控网络的建立

PRJNA413704 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,其英文全称为“c-Met activation leads to the establishment of a TGFb regulatory network required for bladder cancer invasion”。该数据集围绕 c-Met 激活与膀胱癌侵袭机制展开,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其核心数据类型属于转录组或基因表达层面。本站将其归类为肿瘤 / 其他方向。整体来看,该数据集旨在为研究 c-Met 信号激活如何促成 TGFb 调控网络、进而推动膀胱癌侵袭提供可检索、可关联的组学项目入口,适合关注膀胱癌分子机制与基因表达调控的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集的英文名称直接指向一项具体的生物学研究命题:c-Met 激活导致膀胱癌侵袭所需的 TGFb 调控网络的建立。这一命题将 c-Met 信号通路、TGFb 调控网络与膀胱癌侵袭三者联系起来,属于肿瘤分子机制研究范畴。源站标题同样以“c-Met activation leads to the establishment of a T...”呈现,并标注 BioProject ID 413704。本站分类为“肿瘤 / 其他”,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明该项目在数据层面主要涉及转录组或基因表达相关信息。源站对 BioProject 的通用描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划或倡议收集的生物数据集合,可来自单一组织或联盟,并为用户提供统一入口以查找该项目产生的多种数据类型。因此,PRJNA413704 可被理解为一个围绕上述膀胱癌研究命题组织起来的生物项目记录。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达类型。源站描述提到,BioProject 记录为用户提供单一位置,以查找为该项目生成的多种数据类型。就本数据集而言,可确认的数据类型方向是转录组或基因表达,但具体包含哪些样本、采用何种测序或检测平台、产生多少数据量、涉及哪些基因或通路的具体结果,源站未提供。本站分类为“肿瘤 / 其他”,侧写线索中的短描述也仅概括为“属于肿瘤领域的转录组或基因表达数据”。因此,关于数据内容的具体构成、文件格式、样本数量、表达矩阵或差异分析结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体记录为 NCBI BioProject 下的 ID 413704。源站标题显示为“c-Met activation leads to the establishment of a T... (ID 413704) - BioProject - NCBI”。源站对 BioProject 的通用说明指出,BioProject 记录来自单一组织或联盟,围绕单一研究计划或倡议收集生物数据。该数据集英文名称进一步表明其研究主题与 c-Met 激活、TGFb 调控网络及膀胱癌侵袭相关。除上述来源信息外,关于样本采集地点、时间、伦理审批、实验设计、受试者或模型来源等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于主题标签“Transcriptome or Gene expression”以及本站分类“肿瘤 / 其他”,该数据集适用于与膀胱癌侵袭机制相关的转录组或基因表达研究场景。其英文名称提示的研究方向包括 c-Met 激活、TGFb 调控网络以及膀胱癌侵袭,因此可被用于检索或关联这些方向的组学项目入口。由于 BioProject 记录本身提供的是项目级入口,用户可借助该记录查找为同一项目生成的多种数据类型。但具体适用于哪些分析流程、能否直接用于差异表达分析、通路富集分析或临床转化研究,需视项目实际包含的数据类型与质量而定,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录,编号 413704,用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一位置,以查找为该项目生成的多种数据类型。因此,使用方法上可将其视为项目入口,通过记录中的链接或关联信息定位到具体数据。关于如何下载数据、使用何种工具分析、是否需要申请权限、是否有配套分析脚本或流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于项目级记录。源站对 BioProject 的通用描述说明其是围绕单一研究计划收集的生物数据集合,并提供查找多种数据类型的统一入口。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,本站分类为“肿瘤 / 其他”。关于该数据集的具体质量指标、数据完整性、样本量、测序深度、重复数、批次效应、验证实验情况以及使用限制,源站未提供。因此,无法依据现有信息对其数据质量或适用边界做出具体判断。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录为 BioProject ID 413704。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等具体信息,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA413704

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在膀胱癌中,常观察到c-Met异常激活及其同源配体HGF的上调,并已证实这些变化调控着涉及增殖、运动和侵袭的下游通路。本微阵列数据集部分揭示了HGF/c-MET介导膀胱癌侵袭的确切机制。HGF激活经典的TGFβ信号通路,从而增强上皮间质转化和膀胱癌侵袭。总体设计:NBTII细胞系在0小时、2小时、4小时、6小时、9小时、24小时和48小时时间点接受HGF处理。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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