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创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

PRJNA296474：细胞周期分选细胞中的基因表达特征 [H295R_mRNA_array]

PRJNA296474 是一个围绕细胞周期分选细胞中基因表达特征而建立的生物项目数据集，英文全称为 Gene expression signatures in cell cycle sorted cells [H295R_mRNA_array]。该数据集聚焦于 H295R 细胞的 mRNA 芯片检测，旨在刻画细胞周期不同阶段转录组的变化情况，并可为相关肿瘤生物学问题的研究提供转录层面的数据支持。从主题上看，它属于转录组或基因表达范畴，在分类上归入肿瘤/其他方向。数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 296474，物种为 Homo sapiens。整体而言，该数据集以细胞周期分选为实验切入点，通过基因表达检测手段，记录 H295R 细胞在细胞周期进程中的表达特征，适合用于探索细胞周期调控与肿瘤相关转录变化的研究场景。

【数据集背景】

该数据集对应的源站标题为“Homo sapiens (ID 296474) - BioProject - NCBI”，属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录。BioProject 是围绕某一项单一研究计划或倡议而汇集生物数据的集合，这些数据通常来自单一组织或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。本数据集即在此框架下，围绕细胞周期分选细胞中的基因表达特征展开，研究对象为 H295R 细胞，检测层面为 mRNA 芯片，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。其分类归入肿瘤/其他，提示该数据可能与肿瘤生物学背景下的细胞周期与转录组研究相关。

【数据内容】

数据集的核心内容为细胞周期分选细胞中的基因表达特征，具体涉及 H295R 细胞的 mRNA 芯片检测。其短描述指出，数据围绕细胞周期分选细胞中的基因表达特征展开，可用于研究细胞周期不同阶段转录组变化及相关肿瘤生物学问题。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据的主要类型属于转录组或基因表达数据。除上述信息外，关于样本数量、基因数量、具体分选阶段、表达矩阵细节等内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站为 NCBI BioProject，项目编号为 296474，物种为 Homo sapiens。其英文名称中标注了 H295R_mRNA_array，说明检测对象为 H295R 细胞，检测方式为 mRNA 芯片。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一入口，以查找为该项目生成的多种数据类型。关于具体的实验流程、分选方法、芯片平台、建库与测序或杂交细节、样本采集时间与地点等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究细胞周期不同阶段转录组变化及相关肿瘤生物学问题。由于数据围绕细胞周期分选细胞中的基因表达特征，并涉及 H295R 细胞的 mRNA 芯片检测，因此可用于探索细胞周期进程中的基因表达差异、转录组动态变化，以及与肿瘤生物学相关的表达特征分析。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，也表明其适合用于基因表达层面的研究。关于更具体的适用分析类型、疾病模型或临床转化场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问，项目编号为 296474。BioProject 记录为用户提供单一入口，用以查找为该项目生成的多种数据类型及其链接。用户可据此定位与该细胞周期分选细胞基因表达研究相关的数据资源。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具与参数设置等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于围绕单一研究计划汇集生物数据的项目记录。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，分类为肿瘤/其他，物种为 Homo sapiens。关于数据质量指标、样本量、重复数、批次效应、覆盖度、阈值标准以及具体限制条件等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 296474) - BioProject - NCBI”，项目英文名称为 PRJNA296474: Gene expression signatures in cell cycle sorted cells [H295R_mRNA_array]。关于引用格式、许可条款、使用限制与授权要求等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE73256

访问原始数据

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA296474

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了进一步研究细胞周期依赖性基因表达谱，对人工转化的癌细胞系和原代未转化成纤维细胞进行了基于DNA含量的荧光激活细胞分选（细胞周期分选）。对G1、S和G2期进行了阶段依赖性基因表达谱分析。结果通过定量实时PCR进行了验证。总体设计：对分选后的人类癌症细胞（宫颈癌——HeLa和肾上腺皮质癌——NCI-H295R）及原代未转化成纤维细胞（HDFa）进行了阶段依赖性基因表达谱分析。成功分选并分析了G1、S和G2期。H295R_mRNA数据集

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别