PRJNA1522219：尿路致病性大肠杆菌 CCR20 中 PNA 介导的 colibactin 调控因子 ClbR 敲低的 RNA-Seq 分析
该数据集为NCBI BioProject编号PRJNA1522219，主题为转录组或基因表达。数据来自对尿路致病性大肠杆菌CCR20菌株中colibactin调控因子ClbR进行PNA介导敲低后的RNA-Seq分析，用于研究ClbR敲低对基因表达的影响
基本信息
资源简介
PRJNA1522219：尿路致病性大肠杆菌 CCR20 中 PNA 介导的 colibactin 调控因子 ClbR 敲低的 RNA-Seq 分析
PRJNA1522219 是 NCBI BioProject 数据库中的一个转录组研究项目，全称为“RNA-Seq analysis of PNA-mediated knockdown of the colibactin regulator ClbR in uropathogenic Escherichia coli CCR20”。该项目围绕尿路致病性大肠杆菌 CCR20 菌株展开，核心实验手段是采用 PNA 介导的敲低技术抑制 colibactin 调控因子 ClbR 的表达，并在此基础上进行 RNA-Seq 测序分析，以考察 ClbR 敲低后对细菌基因表达谱的影响。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，属于转录组或基因表达研究范畴。在数据分类上，该数据集被归入肿瘤 / 其他类别，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的各类生物学数据。按照源站描述，一个 BioProject 记录通常源自单一机构或联合体，并为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。PRJNA1522219 正是在这一框架下建立的 BioProject 记录，其研究焦点是尿路致病性大肠杆菌 CCR20 菌株中 colibactin 调控因子 ClbR 的功能。colibactin 是一种与基因毒性相关的次级代谢产物，而 ClbR 作为其调控因子，在细菌基因表达调控网络中可能扮演重要角色。该数据集通过 PNA 介导的敲低策略来干扰 ClbR，从而在转录组水平上观察基因表达的变化。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据为 RNA-Seq 分析所产生的转录组数据。具体而言，数据来自对尿路致病性大肠杆菌 CCR20 菌株中 ClbR 进行 PNA 介导敲低后的 RNA-Seq 测序。通过比较敲低组与对照组的基因表达谱，可以评估 ClbR 敲低对细菌全局基因表达的影响。数据内容涉及转录本或基因表达水平的定量信息，属于基因表达研究范畴。关于样本数量、测序深度、具体基因列表或差异表达分析结果等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 编号 PRJNA1522219 进行标识。源站标题为“RNA-Seq analysis of PNA-mediated knockdown of the ... (ID 1522219) - BioProject - NCBI”。项目数据由相关研究机构或联合体提交至 NCBI BioProject 数据库。关于具体的采集地点、采集时间、实验操作流程、建库方法、测序平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学与基因表达调控研究，尤其是针对尿路致病性大肠杆菌中 colibactin 调控因子 ClbR 的功能分析。潜在应用包括：研究 ClbR 敲低对细菌基因表达谱的全局影响；探索 colibactin 生物合成或调控相关基因的表达变化；为后续功能实验提供转录组层面的参考数据。此外，由于该数据集被本站归入肿瘤 / 其他类别，可能也与 colibactin 的基因毒性及其在肿瘤相关研究中的潜在关联有所涉及。关于具体的适用分析类型或下游应用，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，利用 BioProject 编号 PRJNA1522219 进行检索。BioProject 记录提供统一入口，便于用户查找与该研究计划相关的多种数据类型。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或配套工具等信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，属于公共数据库中的项目记录。关于数据质量评估指标、测序质量、覆盖度、重复性、批次效应或技术偏差等信息，源站未提供。使用者在分析时应结合原始数据的具体情况进行判断。此外，该数据集仅针对尿路致病性大肠杆菌 CCR20 菌株中 ClbR 敲低后的转录组分析，结论是否适用于其他菌株或条件尚不明确。源站未提供相关限制说明。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 数据库的通用政策以及相关数据提交者的要求。源站未提供具体的引用文献或授权说明。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1522219
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
反义寡聚体（ASOs）提供了一种序列特异性的策略，用于重编程细菌基因表达。目前，它们主要被用作针对必需基因mRNA的抗菌剂。相比之下，它们在不清除微生物群成员的情况下选择性抑制有害基因的潜力尚未得到充分探索。在此，我们研究了使用ASOs抑制大肠杆菌中基因毒素colibactin生物合成的可能性。Colibactin是携带聚酮合酶（pks）岛的肠杆菌科细菌的一种次级代谢产物，与结直肠癌的发展有关。我们发现，针对不同pks岛mRNA（clbA、clbP、clbQ和clbR）的基于肽核酸（PNA）的ASOs在体外和结直肠癌分离株E. coli CCR20 pks+中选择性地阻断了蛋白质合成。此外，靶向clbR的ASOs有效减少了感染HeLa细胞中colibactin诱导的DNA损伤，表明编码pks岛转录激活因子的clbR是破坏colibactin产生的特别有效靶点。
临床上相关的基于磷酰二胺吗啉代寡核苷酸（PMO）的反义寡核苷酸（ASO）与基于肽核酸（PNA）的ASO效果相当。我们的工作引入了ASO作为一种可行的基于RNA的策略来抑制次级代谢产物的产生，并开创了一种非遗传学方法来研究生物合成基因簇，这些基因簇在自然界中普遍存在，且常发现于难以进行遗传操作的微生物中。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
