基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

PRJNA1415129：白色脂肪中Otopetrin 1预测癌症恶病质进展并防止体重下降

PRJNA1415129 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目，其英文标题为“Otopetrin 1 in white adipose predicts the progression of cancer cachexia and protects against weight loss”，中文可理解为“白色脂肪中的 Otopetrin 1 预测癌症恶病质进展并防止体重下降”。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达，表明其数据与基因表达层面的研究相关。从标题来看，该项目聚焦于白色脂肪组织中 Otopetrin 1 这一分子在癌症恶病质进程中的作用，涉及对疾病进展的预测以及对体重下降的保护效应。本站将其归类为肿瘤领域的“其他”类别，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。以下将从多个方面对该数据集进行介绍。

【数据集背景】

癌症恶病质是一种与肿瘤相关的复杂代谢综合征，常表现为体重下降、肌肉与脂肪组织消耗等。白色脂肪组织在能量储存与内分泌调节中具有重要作用，其变化可能与恶病质的进展密切相关。该项目以 Otopetrin 1 为关注对象，探索其在白色脂肪中与癌症恶病质进展的关系，并研究其是否对体重下降具有保护作用。这一研究方向属于肿瘤代谢与基因表达交叉领域，旨在从转录组或基因表达层面寻找与疾病进展相关的分子线索。该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1415129，其标题直接点明了研究主题，即白色脂肪中的 Otopetrin 1 在预测癌症恶病质进展和防止体重下降方面的潜在作用。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容属于转录组或基因表达类型。BioProject 作为一个生物数据集合，通常汇集与某一特定研究计划相关的多种数据类型，并提供统一的入口以便用户查找。该项目由单一组织或联盟发起，其记录旨在帮助用户定位由该项目产生的不同数据类型。关于该数据集具体包含哪些样本、测序平台、表达矩阵或分析结果等细节，源站未提供。因此，无法进一步描述其数据文件的具体格式、规模或组织方式。可以明确的是，其核心内容围绕白色脂肪中 Otopetrin 1 与癌症恶病质进展及体重下降保护相关的基因表达信息展开。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体收录于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1415129。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些计划可能来自一个组织或一个联盟。BioProject 记录为用户提供了一个集中查找该项目所产生的多种数据类型的链接入口。关于该项目的具体采集方法、样本来源、实验设计、测序策略或伦理审批等信息，源站未提供。因此，无法说明其样本如何采集、在何种条件下保存或经过哪些处理步骤。

【适用场景】

基于其主题标签“Transcriptome or Gene expression”以及标题所涉及的研究方向，该数据集可能适用于与癌症恶病质、白色脂肪组织、Otopetrin 1 功能、体重下降保护机制以及基因表达分析相关的探索性研究。研究人员或许可以利用该数据集寻找差异表达基因、验证候选分子标志物或进行转录组层面的整合分析。然而，由于源站未提供具体的数据类型、样本信息和实验条件，无法确定其是否适用于特定的分析流程或能否直接用于临床解读。该数据集更可能作为基础研究的数据资源，而非直接的诊断或治疗指南。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法，源站未提供。通常，BioProject 记录会提供指向相关数据文件的链接，用户可通过 NCBI 的相关工具或数据库进行访问和下载。但针对本项目，如何获取数据、使用何种软件处理、是否需要特定的分析流程等，均无明确说明。因此，无法给出具体的操作步骤或技术建议。用户若需使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 的通用访问方式，并结合项目页面可能提供的链接进一步获取信息。

【质量与限制】

该数据集的质量控制信息、数据完整性、样本量、测序深度、重复次数以及潜在的批次效应等，源站均未提供。其限制在于，当前可获取的信息仅包括项目标题、主题标签和来源站描述，缺乏对数据本身的技术验证或质量评估。此外，由于没有具体的实验细节和结果数据，无法判断其结论的可靠性或可重复性。因此，在使用该数据集时，需谨慎对待其适用范围，并注意源站未提供相关质量指标这一事实。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议或使用限制，源站未提供。通常，使用 NCBI BioProject 中的数据应遵循 NCBI 的相关政策以及项目本身可能附带的许可条款，但针对本项目，没有明确的引用格式或授权说明。因此，无法提供具体的引用要求或使用许可信息。用户在使用前应自行查阅 NCBI 的通用条款，并关注项目页面是否后续补充相关声明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE317738

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1415129

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症恶病质是癌症患者死亡的主要原因，而白色脂肪组织（WAT）重塑先于体重下降。本研究旨在识别驱动恶病质进展的关键基因，并以WAT丢失为靶点进行早期干预。利用Lewis肺癌小鼠的恶病质前期和恶病质模型，我们系统分析了WAT中通路和基因表达的转录组学改变。Otopetrin 1（OTOP1）被鉴定为代谢重塑和炎症的关键调控因子。由肿瘤条件培养基诱导的脂肪细胞中OTOP1过表达可减弱脂解、促进脂肪生成，并通过抑制NF-κB信号通路和激活PPARγ发挥抗炎作用。在癌症患者中，恶病质时皮下WAT中OTOP1表达显著降低，并与BMI、白蛋白和血红蛋白下降相关，反映营养状况恶化。总之，这些发现表明OTOP1调控脂肪代谢和炎症，可能作为癌症恶病质的潜在生物标志物和治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别