T26处理与未处理MC38细胞的RNA-Seq数据

该数据集为BioProject编号PRJNA1263868的RNA-Seq数据,研究对象为经T26处理与未经处理的MC38细胞,主题标签为转录组或基因表达

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基因组回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA1263868: RNA-Seq of T26-treated and untreated MC38 cell

基本信息

模态
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创建/更新时间
2026-11-05

资源简介

T26处理与未处理MC38细胞的RNA-Seq数据

该数据集为BioProject编号PRJNA1263868的RNA-Seq数据,研究对象为经T26处理与未经处理的MC38细胞,主题标签为转录组或基因表达。数据来源于NCBI BioProject数据库,本站将其归类为肿瘤/其他方向。BioProject是围绕单一研究计划或项目汇集生物数据的记录集合,通常来自单一机构或联合体,其记录为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集聚焦于MC38细胞在T26处理与未处理条件下的转录组或基因表达情况,属于RNA-Seq实验数据。整体而言,该数据集可用于了解T26处理对MC38细胞基因表达谱的影响,是肿瘤相关转录组研究中的一类资源。

【数据集背景】

该数据集对应的源站标题为“RNA-Seq of T26-treated and untreated MC38 cell (ID 1263868) - BioProject - NCBI”,来源站为ncbi.nlm.nih.gov。BioProject作为生物数据集合,旨在将同一研究计划下产生的多种数据类型集中呈现,方便用户从一个记录出发获取相关数据链接。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其核心内容围绕转录组或基因表达展开。本站分类将其归入“肿瘤 / 其他”。关于该研究计划的具体组织来源、资助信息、项目周期等背景,源站未提供。

【数据内容】

该数据集为RNA-Seq数据,研究对象为MC38细胞,包含经T26处理与未经处理两种条件。主题标签为转录组或基因表达,说明数据内容与基因表达谱相关。关于样本数量、测序平台、读长、测序深度、数据文件格式、数据量大小、基因表达定量结果等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov,源站标题显示其记录于NCBI BioProject数据库,编号为1263868。该BioProject记录提供用户查找该项目相关多种数据类型的统一入口。关于样本采集方法、细胞培养条件、T26处理的具体方式、RNA提取与建库流程、测序仪器与试剂等采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景,尤其是围绕MC38细胞在T26处理与未处理条件下基因表达差异的分析。可用于探索T26处理对MC38细胞转录组的影响,也可作为肿瘤相关基因表达研究的参考数据。关于该数据集是否适用于特定疾病模型、药物响应预测、生物标志物发现等具体应用,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过NCBI BioProject数据库中的记录编号1263868查找该数据集,并借助BioProject记录提供的链接获取该项目产生的多种数据类型。关于数据下载方式、文件组织格式、分析流程、所需软件或参考基因组等具体使用方法,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为BioProject记录,提供项目相关数据的统一入口。关于数据质量评估指标、测序质量、重复性、批次效应、样本量是否充分、统计功效等质量相关信息,源站未提供。关于该数据集在实验设计、数据完整性、适用范围等方面的限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“RNA-Seq of T26-treated and untreated MC38 cell (ID 1263868) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策等具体信息,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1263868

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了小鼠结肠腺癌MC38细胞在接受T26处理后的转录变化。T26是一种新型化合物,旨在调节谷氨酰胺代谢及免疫相关通路。通过RNA测序(RNA-Seq)技术,对比了经T26处理的MC38细胞与未处理对照组的转录组图谱。分析差异表达基因,以阐明T26介导抗肿瘤活性的分子机制。此数据集为理解T26如何影响肿瘤细胞内在基因表达提供了资源,并可能为其在癌症免疫治疗中的潜在作用提供线索。总体设计:MC38小鼠结肠癌细胞在含10%胎牛血清和1%青霉素-链霉素的DMEM培养基中,于37°C、5% CO₂条件下培养。细胞以终浓度5 μM的T26处理24小时。在相同条件下培养的未处理细胞作为对照。每组三个生物学重复,使用Trizol试剂提取总RNA。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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