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创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

骨癌痛与假手术组大鼠DRG差异表达长链非编码RNA和mRNA的微阵列及生物信息学分析

PRJNA1128609 是 NCBI BioProject 数据库中的一项转录组或基因表达研究项目，全称为“Differentially expressed long non-coding RNAs and mRNAs in DRG of bone cancer pain and sham group rats based on microarray and bioinformatic analysis”。该项目聚焦于骨癌痛模型大鼠与假手术组大鼠背根神经节（DRG）中差异表达的长链非编码RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA），研究手段为微阵列芯片与生物信息学分析。作为 BioProject 体系中的一项记录，它汇集了与这一单一研究计划相关的生物学数据，便于用户从统一入口查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集在分类上归属于肿瘤及其他相关领域，主题标签为转录组或基因表达，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与单一研究计划相关的生物学数据。该计划可以来自单个机构，也可以来自一个联合体。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，用以发现该项目所产生的不同类型的数据链接。PRJNA1128609 正是这样一个记录，其研究背景是骨癌痛。骨癌痛是肿瘤患者常见的严重并发症之一，其分子机制尚未完全阐明。背根神经节作为感觉信号传入的重要结构，在疼痛信号传递中扮演关键角色。该研究通过比较骨癌痛模型大鼠与假手术组大鼠 DRG 中 lncRNA 和 mRNA 的表达差异，试图从转录组层面揭示与骨癌痛相关的分子变化。

【数据内容】

该数据集的核心内容是差异表达的长链非编码RNA和mRNA。研究对象为大鼠背根神经节，分组包括骨癌痛组和假手术组。数据产生方式基于微阵列芯片，并辅以生物信息学分析。主题标签明确为“Transcriptome or Gene expression”，表明数据属于转录组或基因表达范畴。源站描述仅对 BioProject 的性质作了通用说明，未提供该数据集的具体样本数量、表达谱矩阵、差异倍数阈值或具体基因列表等细节。因此，关于数据内容的具体规模与详细构成，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1128609。源站标题为“Differentially expressed long non-coding RNAs and ... (ID 1128609) - BioProject - NCBI”。根据现有信息，数据来自骨癌痛与假手术组大鼠的背根神经节，采用微阵列技术进行检测，并进行了生物信息学分析。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、实验动物品系、造模方法等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是关注骨癌痛分子机制的研究。具体而言，可用于探索骨癌痛条件下背根神经节中 lncRNA 与 mRNA 的差异表达模式，为后续的功能验证、生物标志物筛选或治疗靶点发现提供线索。此外，由于涉及肿瘤与疼痛的交叉领域，该数据集也可供肿瘤学、神经生物学和疼痛研究领域的科研人员参考。但需注意，其适用性受限于源站所提供的信息范围，具体分析需结合原始数据记录。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，项目 ID 为 1128609。BioProject 记录本身提供指向该项目所产生的不同类型数据的链接，用户可据此进一步获取微阵列数据及相关的生物信息学分析结果。关于数据下载的具体格式、分析流程、软件工具或代码，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录，具有一定的规范性和可追溯性。然而，源站描述仅为 BioProject 的通用说明，未提供该项目的具体质量控制指标、数据完整性评估或技术验证细节。此外，关于样本量、生物学重复、统计方法、差异表达阈值等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户应自行查阅原始数据记录以评估其质量与适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关通用政策，并建议直接访问源站记录以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270839

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1128609

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA在骨癌痛中的诊断作用仍未明确。我们旨在系统鉴定骨癌痛组与假手术组大鼠背根神经节（DRG）中差异表达的mRNA。方法：采用微阵列检测分析骨癌痛组与假手术组大鼠DRG中mRNA的表达谱。采用基于基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的方法，研究差异表达mRNA所涉及的生物学功能和信号通路。选择GPR160通过实时PCR进行验证。结果：与假手术组相比，热图和火山图共揭示807个差异表达的mRNA，其中分别有720个上调和87个下调（倍数变化≥2且P<0.05）。基于上调mRNA的通路分析主要涉及抗原加工与呈递以及吞噬体通路（P<0.05）。我们首次系统报道了骨癌痛组与假手术组大鼠中的差异表达mRNA。

结合已发表的数据集，我们鉴定出几种差异表达的mRNA，它们可能成为诊断或预后标志物。这些mRNA的生物学功能有待进一步验证。综上所述，本研究为未来骨癌痛的治疗提供了基础。总体设计：本研究纳入3例骨癌痛大鼠和4例假手术组大鼠。取每只大鼠的同侧DRG，随后在4°C下以1,000 g离心10分钟。然后转移至冰上的无菌聚丙烯管中，并在4°C下再次以10,000 g离心10分钟以去除细胞碎片。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别