phs001417:可扩展的cfDNA全外显子组测序揭示与转移性肿瘤高度一致

该数据集为 dbGaP 研究,源站原始描述和标签均标注为病例对照与纵向队列(来源 ncbi.nlm.nih.gov)。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖Case-Control, Longitudinal Cohort。

dbgap
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基因组分类Case-Control, Longitudinal Cohort
phs001417: Scalable WES of cfDNA Reveals High Concordance with Metastatic Tumors

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

phs001417:可扩展的cfDNA全外显子组测序揭示与转移性肿瘤高度一致

该数据集的英文名称为 phs001417: Scalable WES of cfDNA Reveals High Concordance with Metastatic Tumors,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP 研究。其分类为肿瘤 / 其他,主题标签包括 Case-Control 与 Longitudinal Cohort。来源站点的描述将其标注为病例对照与纵向队列研究。数据集名称涉及 cfDNA 的 WES 分析与转移性肿瘤一致性。除这些信息外,现有资料未提供更多关于样本、方法、结果或使用方式的具体细节。

【数据集背景】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP 研究。dbGaP 是 NCBI 提供的数据库资源,常用于存储和共享遗传学及相关表型研究。该数据集在分类上归入肿瘤 / 其他,主题标签为 Case-Control 和 Longitudinal Cohort。来源站点的描述也将其标注为病例对照与纵向队列。从名称看,研究主题与 cfDNA 的全外显子组测序以及转移性肿瘤的一致性有关。cfDNA 通常指循环游离 DNA,WES 通常指全外显子组测序,转移性肿瘤通常指已发生转移的肿瘤。这些术语的通用含义可用于理解标题,但源站未提供该研究的具体目的、资助信息、研究机构、起止时间、伦理审批或更详细的背景说明。

【数据内容】

该数据集的主题标签包括 Case-Control 和 Longitudinal Cohort,来源站点描述同样指向病例对照与纵向队列。这意味着研究设计层面带有病例对照和纵向队列两类标签。数据集分类为肿瘤 / 其他,名称中涉及 cfDNA 的 WES 分析与转移性肿瘤一致性。但是,源站未提供具体的数据文件类型、样本数量、变量列表、随访信息、测序深度、覆盖范围、临床注释、结果指标或统计表格。因此,无法依据现有信息说明该数据集内实际包含哪些字段、记录或派生数据。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP 研究。来源站点的描述将其标注为病例对照与纵向队列。数据集名称表明其与 cfDNA 的 WES 分析及转移性肿瘤一致性有关。除此之外,源站未提供采集地点、采集时间、目标人群、样本处理流程、测序平台、数据生成方法、质量控制流程或伦理审批信息。也无法确认样本如何选取、对照如何匹配、纵向随访如何组织,以及数据是否包含原始测序数据、处理后数据或仅包含汇总信息。

【适用场景】

根据分类和标签,该数据集可能适合作为肿瘤领域、病例对照研究和纵向队列研究相关主题的检索入口或背景参考资料。名称涉及 cfDNA、WES 和转移性肿瘤一致性,因此对关注这些方向的用户可能具有主题相关性。但是,源站未提供具体的适用分析场景、推荐用途、研究问题或验证范围。是否适合用于特定类型的肿瘤研究、cfDNA 分析、转移性肿瘤比较或纵向随访分析,仍需以来源站 ncbi.nlm.nih.gov 上对应条目的说明为准。现有资料不足以支持对适用场景作进一步推断。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括访问流程、下载方式、申请权限、数据格式、分析工具、预处理步骤、参考基因组、软件参数或结果复现方式。作为 dbGaP 研究,其使用方式通常需要参考来源站的相关说明,但现有资料未给出具体细节。因此,若需要访问或分析该数据集,应前往 ncbi.nlm.nih.gov 查询该研究条目的最新指引,并以来源站公布的流程和要求为准。本文无法提供更具体的操作步骤。

【质量与限制】

源站未提供专门的质量评估结论、技术验证指标、样本量、覆盖度、偏倚控制、缺失数据处理或局限说明。因此,无法依据现有信息判断该数据集的数据质量、可重复性、代表性或外推性。标题中出现的“High Concordance”属于数据集名称的一部分,不应被直接理解为经过独立评估的质量结论。来源站点也没有提供关于病例对照设计、纵向队列设计在具体实施中可能存在的限制。除已列出的分类、标签、来源和名称外,质量与限制方面的更多信息均为源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的许可条款、使用协议、引用格式、数据访问授权信息或商业使用限制。若需要引用或使用该数据集,应以 ncbi.nlm.nih.gov 上对应条目的最新说明为准。现有资料未给出推荐引用文献、DOI、版本号、更新日期或数据生产者信息。因此,无法在本介绍中提供具体的引用模板或授权判断。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001417

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Case-Control, Longitudinal Cohort).

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