大型未选择转移性结直肠癌队列的分子特征与原发性肿瘤位置、罕见转移部位及预后的关系

该数据集来自一项基于人群的转移性结直肠癌(mCRC)研究,覆盖斯堪的纳维亚三个地区798例患者,使用定制Ampliseq热点面板检测44个癌症相关基因,并结合错配修复状态、原发肿瘤位置及骨/脑转移情况分析突变分布与生存差异

Taylor & FrancisTaylor & Francis
datacite
2023-06-05 更新
浏览 7
基因组预测RASmetastatic colorectal cancerbrain metastasesBRAF V 600E mutations798 mCRC patientsmismatch repair statustumor locationpopulation-based cohortERBB 2 alterationsAmpliseq hotspot panelBRAF V 600Eprognosis
Molecular characterization of a large unselected cohort of metastatic colorectal cancers in relation to primary tumor location, rare metastatic sites and prognosis

基本信息

模态
基因组
大小
0.001018268 GB
任务类型
预测
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-05
版本
v2

资源简介

大型未选择转移性结直肠癌队列的分子特征与原发性肿瘤位置、罕见转移部位及预后的关系

Molecular characterization of a large unselected cohort of metastatic colorectal cancers in relation to primary tumor location, rare metastatic sites and prognosis

该数据集来自一项基于人群的转移性结直肠癌(mCRC)研究,覆盖斯堪的纳维亚三个地区798例患者,使用定制Ampliseq热点面板检测44个癌症相关基因,并结合错配修复状态、原发肿瘤位置及骨/脑转移情况分析突变分布与生存差异。数据包含补充方法与补充图表文件,可用于探索mCRC分子特征、罕见转移部位相关突变及预后关联(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Molecular characterization of a large unselected cohort of metastatic colorectal cancers in relation to primary tumor location, rare metastatic sites and prognosis》发表于 Acta Oncologica(2020),DOI:10.1080/0284186X.2019.1711169。项目资助方:This work was supported by the Swedish Cancer Society under Grant CAN 2016/447 and CAN 2018/1165.。源站首次发布:2020-01-16。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):背景:我们曾报道,在基于人群的转移性结直肠癌(mCRC)患者队列中,BRAF V600E突变和微卫星高度不稳定(MSI-H)的患病率高于临床试验或医院患者组的报道。本研究旨在探讨mCRC中其他突变在这些队列间的患病率差异,及其与错配修复状态和原发肿瘤位置的关系,并分析骨或脑转移的存在是否与任何突变相关。材料与方法:使用来自斯堪的纳维亚三个地区的798例mCRC患者的基于人群队列。在定制设计的Ampliseq热点面板中检测了44个癌症相关基因。使用Kaplan–Meier估计器和Cox回归分析分析生存差异。结果:在449/501例患者中,可对40/44个基因进行突变测定。

【数据结构与技术规格】

文件数 2 个,合计 1.02 MB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.11574726.v2。

【主题与分类】

源站学科分类:Medicine、Genetics、Molecular Biology、Biotechnology、Biological Sciences not elsewhere classified、Cancer。主题标签:RAS、metastatic colorectal cancer、brain metastases、BRAF V 600E mutations、798 mCRC patients、mismatch repair status、tumor location、population-based cohort、ERBB 2 alterations、Ampliseq hotspot panel。本站分类:肿瘤/其他。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Medicine、Genetics、Molecular Biology、Biotechnology、Biological Sciences not elsewhere classified、Cancer。

【获取与许可】

源站页面:https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Molecular_characterization_of_a_large_unselected_cohort_of_metastatic_colorectal_cancers_in_relation_to_primary_tumor_location_rare_metastatic_sites_and_prognosis/11574726

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Molecular characterization of a large unselected cohort of metastatic colorectal cancers in relation to primary tumor location, rare metastatic sites and prognosis. Taylor & Francis. Nunes, Luís; Aasebø, Kristine; Mathot, Lucy; Ljungström, Viktor; Edqvist, Per-Henrik; Sundström, Magnus; et al

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-05,引用时请注意版本时效。

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.0 MB。

数据说明

背景:我们曾报道,在基于人群的转移性结直肠癌(mCRC)患者队列中,BRAF V600E突变和微卫星高度不稳定(MSI-H)的发生率高于临床试验或医院来源患者群体的报道。本研究旨在探讨mCRC中其他突变的发生率在这些队列间是否存在差异,并分析其与错配修复状态及原发肿瘤部位的关系,以及骨或脑转移的存在是否与任何突变相关。材料与方法:研究采用来自斯堪的纳维亚三个地区的798例mCRC患者的基于人群队列。使用定制设计的Ampliseq热点面板检测了44个癌症相关基因。采用Kaplan–Meier估计法和Cox回归分析生存差异。结果:在449/501例患者中,可对40/44个基因进行突变检测。除BRAF V600E在19%的肿瘤中可见外,其他突变的发生率均未高于试验队列。

BRAF V600E和MSI-H见于8%的病例,与不良预后相关;与左侧和直肠肿瘤合并相比,右侧原发肿瘤位置(39%)也与不良预后相关;然而,在多变量回归分析中,只有BRAF突变保留了统计学显著性。未发现其他突变与不良预后相关。若诊断时存在骨转移,ERBB2改变更为常见(17% vs. 4%,p = .011)。未发现与脑转移的关联。52%的患者存在可用FDA批准的靶向治疗进行治疗的改变,主要是针对RAS野生型的EGFR抑制剂和针对MSI-H肿瘤的检查点抑制剂。结论:右侧肿瘤位置、BRAF V600E突变(但未发现其他所研究的突变)以及MSI-H在未经选择的队列中比临床患者队列报告更为常见,很可能是因为它们提示不良预后。半数患者的肿瘤可用已

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
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print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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