微阵列癌症基因表达数据

该数据集为微阵列癌症基因表达数据,来源于 Rutgers University 生物信息学实验室数据库,包含 5 个 Excel 文件,覆盖脑癌、子宫内膜癌、前列腺癌等肿瘤类型

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2017-04-27 更新
浏览 2
基因组分类肿瘤基因表达微阵列癌症分类生物信息学
Microarray Cancer Gene Expression Data

基本信息

模态
基因组
大小
0.002736259 GB
任务类型
分类
创建/更新时间
2017-04-27
版本
v2

资源简介

微阵列癌症基因表达数据

Microarray Cancer Gene Expression Data 是一套面向微阵列癌症数据分类研究的基因表达数据集,来源于 Rutgers University 生物信息学实验室的数据库,由 data.mendeley.com 发布,本站归类为肿瘤 / 其他。该数据集共包含 5 个 Excel 格式文件,覆盖脑癌、子宫内膜癌、前列腺癌等肿瘤类型,文件合计约 2.74 MB,于 2017 年 4 月 27 日发布,版本为 v2,DOI 为 10.17632/wyxvsztc37.2。数据集以 Excel 工作簿形式组织,便于研究者按文件逐一读取并开展癌症分类相关的建模与验证工作。

【数据集背景】

微阵列技术能够在转录组层面同时测量大量基因的表达水平,由此产生的表达谱数据被广泛用于癌症类型的识别与分类研究。该数据集正是面向微阵列癌症数据分类这一用途而整理发布的,其内容取自 Rutgers University 生物信息学实验室的数据库,属于在相关研究中被广泛使用的数据集合。数据集以 v2 版本发布,发布时间为 2017 年 4 月 27 日,并通过 DOI 10.17632/wyxvsztc37.2 进行标识,便于研究者在引用时准确定位该版本。

【数据内容】

数据集由 5 个 Excel 工作簿文件组成,文件样例包括 Gordon-2002.xlsx、Nutt-2003-v2_BrainCancer.xlsx、Pomeroy-2002-v1.xlsx、Endometrial Cancer.xlsx 与 ProstateCancer.xlsx。从文件命名可以看出,数据覆盖脑癌、子宫内膜癌、前列腺癌等肿瘤类型,其中部分文件以研究文献的年份与作者命名,部分文件以肿瘤类型命名。全部文件合计约 2.74 MB。各文件内部的具体字段构成、样本数量、基因数量与标签编码方式,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的数据获取自 Rutgers University 生物信息学实验室的数据库,这些数据在微阵列癌症数据分类研究中被广泛使用。数据集通过 data.mendeley.com 对外发布,发布者为该平台上的对应数据条目,版本为 v2,发布时间为 2017 年 4 月 27 日。除上述来源信息外,原始样本的采集地点、采集时间、受试者信息与伦理审批情况,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于微阵列癌症基因表达数据的分类研究,可用于构建与评估面向肿瘤类型识别的分类模型,也可用于不同肿瘤类型表达谱之间的比较分析。由于数据覆盖脑癌、子宫内膜癌、前列腺癌等多种肿瘤类型,适合开展多类别分类任务的方法学研究与基准比较。关于该数据集在其他任务(如生存分析、通路富集分析等)中的适用性,源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载全部 5 个数据文件,合计约 2.74 MB,包括 Gordon-2002.xlsx、Nutt-2003-v2_BrainCancer.xlsx、Pomeroy-2002-v1.xlsx、Endometrial Cancer.xlsx 等。数据以 Excel 工作簿格式提供,可按文件格式直接读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因不同文件之间字段组织差异导致的读取错误。各文件的具体读取参数与预处理步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 Excel 工作簿形式提供,文件数量为 5 个,合计约 2.74 MB,版本为 v2。关于数据缺失情况、批次效应、样本量、类别平衡性以及数据清洗与校验的具体方法,源站未提供。由于各文件来源于不同的原始研究,文件之间的字段结构与编码一致性需在使用前自行核对。数据集的已知局限性与使用注意事项,源站未提供。

【引用与许可】

引用该数据集时应使用其 DOI:10.17632/wyxvsztc37.2,并注明版本为 v2,发布平台为 data.mendeley.com。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://data.mendeley.com/datasets/wyxvsztc37

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 2.7 MB。

数据说明

Bulent Haznedar (2017). Microarray Cancer Gene Expression Data [Dataset]. http://doi.org/10.17632/wyxvsztc37.2

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