SOX9与SOX5/SOX6通过超级增强子协同驱动软骨生成的ChIP-Seq数据
该数据集来自 NCBI GEO，标题为 SOX9 与 SOX5/SOX6 通过超级增强子全基因组协同驱动软骨生成的 ChIP-Seq 数据
基本信息
资源简介
SOX9与SOX5/SOX6通过超级增强子协同驱动软骨生成的ChIP-Seq数据
The transcription factors SOX9 and SOX5/SOX6 cooperate genome-wide through super-enhancers to drive chondrogenesis (ChIP-Seq)
该数据集来自 NCBI GEO，标题为 SOX9 与 SOX5/SOX6 通过超级增强子全基因组协同驱动软骨生成的 ChIP-Seq 数据。数据以大鼠软骨肉瘤 RCS 细胞为模型，结合 RNA-seq 与 ChIP-seq 解析该软骨生成三因子组合的靶基因谱与作用模式。数据集仅含 1 个文件 GSE70143_series_matrix.txt.gz，可用于研究转录因子基因组占据与软骨生成调控机制（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Jun 22 201。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：SOX9 是软骨生成所需的转录激活因子，SOX5 和 SOX6 是密切相关的 DNA 结合蛋白，可关键性增强其功能。我们使用 RNA-seq 将大鼠软骨肉瘤（RCS）细胞表征为增殖性/早期前肥大生长板软骨细胞的忠实模型，并使用 ChIP-seq 获得关于该软骨生成三因子组合的靶基因全谱和作用模式的新见解。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL18694、10116。本站分类：肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE70143
【使用注意】
· 源站最后修改于 Jul 08 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE70143
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
SOX9是软骨生成所需的转录激活因子，SOX5和SOX6是密切相关的DNA结合蛋白，能关键性地增强其功能。我们利用RNA-seq将大鼠软骨肉瘤（RCS）细胞鉴定为增殖/早期前肥大生长板软骨细胞的忠实模型，并利用ChIP-seq深入探究这一软骨生成三联体的靶基因全谱及作用模式，从而获得新的见解。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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