不可分型流感嗜血杆菌与卡他莫拉菌共感染支气管上皮细胞的宿主-病原体互作分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE283527

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性阻塞性肺疾病（COPD）是一种进行性炎症性肺部疾病，也是全球第三大死因。不可分型流感嗜血杆菌（NTHi）和卡他莫拉菌（Mcat）是COPD患者中的常见病原体。获得NTHi或Mcat可导致COPD急性加重。NTHi和/或Mcat还可在下气道持续存在数月，并导致慢性炎症。我们假设，NTHi或Mcat感染，无论是单一感染还是共感染期间，都需要特定细菌和宿主细胞通路的调控。我们使用由肺癌H292细胞系组成的体外细胞培养模型研究了这一现象，该模型分别感染NTHi、Mcat或两种菌种。样本被分为含有游离漂浮细菌的“顶端液体”部分，以及附着于H292细胞表面或侵入细胞内的细菌部分。我们使用RNA-seq转录组学分析和多种生物信息学分析，从各物种的角度解析上皮细胞感染中的宿主-病原体相互作用。多种生物学通路在所有条件下均受到差异性调控（31条，NTHi；22条，Mcat；169条，人类）。

NTHi转录组谱在单一感染和共感染期间存在差异；例如，与单一感染相比，共感染中铁硫代谢（IscR调节子）下调及群体感应的差异性调节。在共感染期间，Mcat受NTHi存在的影响相对较小。H292上皮细胞对所有感染均产生广泛反应，对单一感染和共感染有不同响应。富集的宿主通路包括流感/干扰素/Wnt和促炎反应。这些发现表明NTHi和/或Mcat诱导的COPD发病机制涉及共同和不同的过程，并对治疗干预具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。