胰腺癌相关成纤维细胞的基因组尺度代谢模型

资源简介

胰腺癌相关成纤维细胞的基因组尺度代谢模型

该数据集名为 Genome-scale metabolic models of pancreatic cancer-associated fibroblasts，收录于肿瘤/其他分类，来源为 doi.org。数据集提供了胰腺癌相关成纤维细胞（CAF）与正常成纤维细胞（NF）的细胞特异性基因组尺度代谢模型（GEM），所有模型均以 Human1 作为通用 GEM 生成。模型覆盖 bulk RNA-seq 与 scRNA-seq 两类数据来源：前者分别基于正常成纤维细胞系与癌症相关成纤维细胞系的转录组数据生成 NF 与 CAF 特异性模型，后者基于胰腺单细胞转录组数据聚合的伪 bulk 谱生成多套 NF 与 CAF 特异性模型。每个 GEM 以 SBML 格式的 .xml 文件提供。数据集作者为 Jung, Hae Deok、Sung, Yoo Jin、Park, Ye Rin、Lee, Jae-Eon、Bae, Ju Hyeon、Jeon, Yong Hyun 与 Kim, Hyun Uk，机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。

【数据集背景】

胰腺癌微环境中的癌症相关成纤维细胞是肿瘤间质的重要组成部分，其代谢特征与正常成纤维细胞存在差异。基因组尺度代谢模型通过整合基因组注释与代谢反应网络，能够在系统层面刻画细胞的代谢能力。该数据集以 Human1 通用代谢模型为基础，构建针对胰腺癌相关成纤维细胞及正常成纤维细胞的细胞特异性 GEM，为在代谢网络层面比较两类成纤维细胞提供模型资源。数据集主题标签包括胰腺癌、癌症相关成纤维细胞、基因组尺度代谢模型、GEM、bulk RNA-seq、scRNA-seq 与 SBML。

【数据内容】

数据集包含四组细胞特异性 GEM。第一组为基于 bulk RNA-seq 的 NF 特异性 GEM，使用正常成纤维细胞系 SC00A5（GSE325249）的三套 bulk RNA-seq 数据生成。第二组为基于 bulk RNA-seq 的 CAF 特异性 GEM，使用癌症相关成纤维细胞系 CAF08（GSE325249）的三套 bulk RNA-seq 数据生成。第三组为基于 scRNA-seq 的 NF 特异性 GEM，将胰腺 scRNA-seq 数据聚合为伪 bulk 谱（pool size 为 750），据此生成五十个 NF 特异性 GEM。第四组为基于 scRNA-seq 的 CAF 特异性 GEM，将同一来源的胰腺 scRNA-seq 数据聚合为伪 bulk 谱（pool size 为 4,000），据此生成一百个 CAF 特异性 GEM。每个 GEM 均包含 SBML 格式的 .xml 文件。

【采集与来源】

bulk RNA-seq 数据来自正常成纤维细胞系 SC00A5 与癌症相关成纤维细胞系 CAF08，登录号为 GSE325249。单细胞数据来自 Zenodo 存储库（记录编号 14199536）中的胰腺 scRNA-seq 数据集，经聚合形成伪 bulk 谱后用于模型生成。数据集本身发布机构为 Zenodo，来源站为 doi.org。

【适用场景】

该数据集适用于胰腺癌肿瘤微环境中成纤维细胞代谢特征的比较研究，可用于对比正常成纤维细胞与癌症相关成纤维细胞在代谢网络层面的差异；也可用于基于 bulk 转录组与单细胞转录组的代谢模型构建方法比较，以及以 Human1 为骨架的细胞特异性模型构建流程的参考。SBML 格式模型便于在常用代谢建模软件中加载与模拟。

【使用方法】

使用者可下载各 GEM 对应的 .xml 文件，在支持 SBML 的代谢建模环境中读取模型，并根据研究目的开展代谢网络分析。由于模型分别来源于 bulk RNA-seq 与 scRNA-seq 两类数据，且单细胞来源模型以伪 bulk 聚合方式生成，使用时可依据数据来源与聚合参数（pool size 分别为 750 与 4,000）选择相应模型集合。

【质量与限制】

源站未提供模型质量评估、验证结果或性能指标。模型的生成依赖 Human1 通用模型及特定细胞系与数据来源，单细胞来源模型基于伪 bulk 聚合，聚合池大小不同。其他质量与限制信息源站未提供。

【引用与许可】

数据集作者为 Jung, Hae Deok、Sung, Yoo Jin、Park, Ye Rin、Lee, Jae-Eon、Bae, Ju Hyeon、Jeon, Yong Hyun 与 Kim, Hyun Uk，发布机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年。许可为 Creative Commons Attribution 4.0 International，使用时应遵循该许可的署名要求。