男性膀胱癌不同疾病分期导管采集尿液微生物组相关数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.5947497

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本记录包含与文章《根据疾病分期，男性膀胱癌患者导尿管收集尿液的微生物组》相关的原始数据。目的：尿液无菌的教条已被推翻，泌尿微生物组的生态失调与许多泌尿系统疾病有关。我们检验了以下假设：在导尿管收集的尿液、膀胱冲洗液和中段排尿中，患有或不患有膀胱癌的男性之间的尿液微生物组成可能不同，并且可能取决于肿瘤分期。材料与方法：从男性膀胱癌患者以及性别和年龄匹配的非肿瘤对照组中收集液体样本。提取总DNA并进行16S rRNA基因测序。进行微生物分类的生物信息学分析，以评估多样性和变异。结果：与对照组相比，膀胱癌患者导尿管收集尿液样本相关的泌尿微生物组特征为Veillonella（p=0.04）和Corynebacterium（p=0.03）的丰度显著增加，以及Ruminococcus（p=0.03）的减少，且这些差异随着疾病进展而加剧。

与导尿尿液相比，膀胱癌冲洗液显示某些菌群特异性增加，如伯克霍尔德菌科（p=0.014），而中段尿则富含链球菌（p<0.0001）、肠球菌（p<0.0001）、棒状杆菌（p=0.038）和梭杆菌（p<0.0001）。结论：膀胱内有内源性细菌定植，微生物改变是膀胱癌患者微生物组特征。不同的微生物组成可通过改变采样策略来表征。这些结果为基于细菌群落调控探索新的诊断和治疗方案铺平了道路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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