论文第3章发表数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.31347121.v1

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 879.7 KB。

数据说明

在本条目中，您可以找到论文《肠道微生物组在肠道伤口愈合中的作用：从炎症性肠病和结直肠癌中揭示微生物学洞见》第三章所述的所有补充表格和附图。图例：图表均以章节号为前缀。例如，“Figure3-S1”代表第三章的补充图1。Figure3-S1. 接受IFX和ADA治疗的患者具有相似的基线结肠黏膜微生物组。在扩增子序列变异（ASV）水平上通过Shannon和Simpson指数测量的α多样性。Wilcoxon符号秩检验。基于ASV水平Bray-Curtis相异性的主坐标分析（PCoA），展示应答者与无应答者之间的β多样性。置换多元方差分析（PERMANOVA）。Figure3-S2. 在接受IFX和ADA治疗患者的基线结肠黏膜微生物组中，M. gnavus与Blautia呈现相似的模式。

对来自抗TNFα-结肠模型（图5B）的15个最具预测性的ASV，在阿达木单抗（ADA；应答者n=13，无应答者n=10）和英夫利西单抗（IFX；应答者n=9，无应答者n=6）应答者与无应答者之间的相对丰度进行差异分析。比较分别针对每种药物使用Mann-Whitney U检验进行。对于ADA，有四个ASV在应答者与无应答者之间显示出显著不同的相对丰度，展示于上方面板。对于IFX，无任何比较达到统计学显著性；相应的点图展示于下方面板。表3-S1。接受维得利珠单抗治疗患者的基线临床特征。除非另有定义，数值为中位数（四分位距）。缺失数据的数量显示于方括号中。百分比基于可用数据计算。抗TNFα：英夫利西单抗和阿达木单抗；HBI：Harvey Bradshaw指数；SES-CD：简易内镜疾病活动度评分；免疫调节剂：硫唑嘌呤

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。