器官移植受者的皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病

该数据集来自 ebi.ac.uk,收录器官移植受者相关的皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病样本,属于肿瘤/其他分类。源站说明这是一个 SuperSeries,由下方列出的多个 SubSeries 组成,需参考各个 Series 获取具体信息

biostudies
浏览 8
基因组分类genotyping by arraytranscription profiling by arrayHomo sapiens
Cutaneous squamous cell carcinomas and actinic keratoses from organ transplant recipients

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

器官移植受者的皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病

该数据集英文名为 Cutaneous squamous cell carcinomas and actinic keratoses from organ transplant recipients,来源于 ebi.ac.uk,在本站归入肿瘤 / 其他分类。数据集围绕器官移植受者相关的皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病样本展开,主题标签涵盖 genotyping by array、transcription profiling by array、comparative genomic hybridization by array 以及 Homo sapiens。源站说明这是一个 SuperSeries,由下方列出的多个 SubSeries 组成,具体信息需参考各个 Series。整体来看,该数据集面向皮肤肿瘤与移植相关皮肤病变的组学研究,适合关注器官移植受者皮肤鳞状细胞癌和光化性角化病分子特征的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集聚焦于器官移植受者相关的皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病。器官移植受者因长期接受免疫抑制治疗,皮肤肿瘤风险受到关注,而皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病是该背景下常见的皮肤病变类型。数据集以 Homo sapiens 为研究对象,主题标签涉及 genotyping by array、transcription profiling by array 和 comparative genomic hybridization by array,说明其数据可能覆盖基因分型、转录谱以及比较基因组杂交等组学层面。源站将其组织为 SuperSeries,并说明由下方列出的多个 SubSeries 组成,因此整体背景需结合各 SubSeries 的具体内容理解。除上述信息外,源站未提供更详细的背景说明。

【数据内容】

该数据集收录器官移植受者相关的皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病样本。源站描述指出,这是一个 SuperSeries,由下方列出的多个 SubSeries 组成,需参考各个 Series 获取具体信息。主题标签包括 genotyping by array、transcription profiling by array、comparative genomic hybridization by array 以及 Homo sapiens,表明数据涉及数组形式的基因分型、转录谱分析和比较基因组杂交。关于样本数量、具体分组、检测平台、数据文件类型与规模等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ebi.ac.uk。源站描述为:This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below. Refer to individual Series。该数据集在本站分类为肿瘤 / 其他。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批、受试者纳入排除标准、器官移植类型、免疫抑制方案等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于主题标签,该数据集可用于涉及器官移植受者皮肤鳞状细胞癌与光化性角化病的组学研究场景,例如基因分型、转录谱分析和比较基因组杂交相关的分析。由于源站将其组织为 SuperSeries,适用场景也可能涉及对多个 SubSeries 的整合参考。关于具体分析用途、疾病机制研究、生物标志物发现或临床转化等方向,源站未提供明确说明。

【使用方法】

使用该数据集时,应参考源站说明,即该 SuperSeries 由下方列出的多个 SubSeries 组成,需参考各个 Series 获取具体信息。用户可根据各 SubSeries 的内容分别获取数据,并结合 genotyping by array、transcription profiling by array、comparative genomic hybridization by array 等主题标签理解数据类型。关于数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具与参数等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 SuperSeries,具体信息需参考各个 SubSeries。关于数据质量评估、样本量、批次效应、缺失值、平台差异、验证实验等质量相关信息,源站未提供。使用时应以各 SubSeries 的实际说明为准。除源站描述与主题标签外,源站未提供更多限制说明。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款与署名要求,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-32979

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

lower arm P-11 P-33 P-39 P-03 P-24 P-42 P-15 P-41 P-44 P-27 P-18 P-05 P-40 P-57 P-38 actinic keratosis actinic keratosis (AK) squamous cell carcinoma squamous cell carcinoma (SCC) normal unexposed epidernis Peripheral Blood female male liver kidney kidney + pancreas keratinocyte lymphocyte 2 1 3 Array

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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