结肠癌扩增子靶向测序研究：含白细胞、原发肿瘤组织与血浆样本

资源简介

结肠癌扩增子靶向测序研究：含白细胞、原发肿瘤组织与血浆样本

该数据集为结肠癌扩增子靶向测序研究数据，来源于 ega-archive.org，收录于本站“肿瘤 / 其他”分类。数据集包含 148 例结肠癌患者的扩增子靶向 NGS 配对末端原始测序数据，以 FASTQ 格式提供 R1 和 R2 双端文件。样本构成包括 148 份原发肿瘤组织样本、148 份白细胞样本以及 118 份基线血浆样本，覆盖组织、外周血细胞与血浆三类标本，可用于围绕结肠癌的靶向测序分析。整体而言，该数据集以原始测序读长为交付形式，保留了测序仪产出的原始信息，便于使用者按自身分析流程进行比对、变异检测与样本间比较等后续处理。

【数据集背景】

该数据集是一项结肠癌扩增子靶向测序研究的产物，研究聚焦于结肠癌患者，采用扩增子靶向 NGS 策略对特定基因组区域进行富集并测序。数据集英文名称表明其涵盖白细胞、原发肿瘤组织与血浆样本三类材料，体现了以患者配对样本为基础的研究设计。数据集被归入肿瘤相关分类，主题标签源站未提供。关于该研究的具体科学假设、立项背景、所属项目及资助信息，源站未提供。

【数据内容】

数据内容为扩增子靶向 NGS 配对末端原始数据，即 FASTQ 格式的 R1 与 R2 读长文件。样本总量方面，共涉及 148 例结肠癌患者，对应 148 份原发肿瘤组织样本、148 份白细胞样本和 118 份基线血浆样本。三类样本合计 414 份，但源站未提供每份样本对应的文件数量、文件大小、测序读长、目标区域范围、引物面板设计、测序深度等具体技术参数。数据中是否包含样本元数据表、临床信息或变异注释结果，源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 ega-archive.org。样本采集自 148 例结肠癌患者，包括原发肿瘤组织、白细胞以及基线时点采集的血浆。源站未提供样本采集的具体时间跨度、采集机构、伦理审批信息、患者人口学特征、疾病分期与治疗背景等细节，也未说明测序平台、建库方法与测序中心信息。

【适用场景】

基于其样本构成与数据形式，该数据集适用于结肠癌扩增子靶向测序相关的原始数据分析，例如对肿瘤组织、白细胞与血浆样本分别进行读长质控、比对与变异检测，并开展组织与血浆之间、肿瘤与白细胞之间的配对比较研究。白细胞样本在肿瘤研究中常作为胚系对照，血浆样本可用于探索循环肿瘤 DNA 相关分析，但该数据集是否已针对此类用途进行验证，源站未提供。此外，该数据集也可用于扩增子测序分析流程的建立与评估。具体应用结论需使用者基于数据实际情况判断。

【使用方法】

使用者可依据 FASTQ R1 与 R2 文件开展配对末端数据处理，典型流程包括读长质控、接头与低质量序列过滤、参考基因组比对、扩增子区域覆盖统计以及变异检测与过滤等。由于源站未提供扩增子面板的目标区域坐标与引物序列，使用前需自行确认或向数据提供方获取相关信息。样本与文件的对应关系、配对样本的组织方式等，源站未提供，需在使用前核实。数据访问方式与下载流程应遵循 ega-archive.org 的相关规定。

【质量与限制】

该数据集为原始测序数据，未提供预处理或变异调用结果，使用者需自行完成质控与分析。源站未提供测序质量指标、平均深度、覆盖均一性、样本合格率等质量评估信息，也未说明是否存在样本排除或数据过滤情况。血浆样本数量为 118 份，少于肿瘤组织与白细胞的 148 份，样本间数量不完全对等，可能影响配对分析的样本量。此外，源站未提供临床随访、疗效与预后等信息，相关限制需在使用时予以考虑。

【引用与许可】

该数据集来源于 ega-archive.org，使用与引用应遵循该平台的数据访问政策与相关要求。源站未提供具体的发表文献、DOI、数据使用协议条款及许可类型，使用者在获取与使用数据前应向数据提供方或平台确认引用方式与使用限制。