瑞典多中心儿童中枢神经系统肿瘤组织病理图像数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.17044/scilifelab.34767084

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本记录描述了一个多中心数据集的1.0版本，该数据集包含经数字化处理的苏木精-伊红染色儿童中枢神经系统（CNS）肿瘤组织病理学切片，由瑞典儿童肿瘤生物样本库（BTB）于2013年至2023年间从六家瑞典大学医院收集。该数据属于GDPR下的假名化个人数据，因此未存放于此。访问权限由BTB提供，网址为：www.barntumorbanken.se。内容：该数据集包含来自535例病例的1366张全切片图像（WSI），涉及516名初次诊断时年龄为0–18岁的受试者。其中，499名受试者具有肿瘤诊断，根据WHO 2021年CNS肿瘤分类，涵盖10个类别、26个家族和39种类型。17名受试者具有非肿瘤诊断。文件：每张WSI对应一个文件，命名为[WSI ID].ndpi或[WSI ID].svs，按中心组织为每个中心一个文件夹：斯德哥尔摩（226张WSI）、哥德堡（289张）、隆德（126张）、林雪平（165张）、于默奥（179张）、乌普萨拉（381张）。该数据集还包含clinical_information.csv（每张WSI一行）。

临床变量：wsi_id、subject_id、复发、中心、性别、诊断时年龄（月）、WHO 2021分类、家族史、类型和亚型、原始诊断和肿瘤位置。软件：NDPI和SVS文件可使用QuPath、NDP.view2、Aperio ImageScope或OpenSlide库打开。访问：经BTB和斯德哥尔摩医学生物样本库审查并签署数据转让协议后，可授予具有伦理批准的项目用于儿童癌症研究的访问权限。获批的研究人员将通过安全下载链接收到文件。研究人员程序：提供涉及儿科癌症研究的有效且相关的伦理批准，包括处理和保护个人数据的适当数据管理计划；通过填写表格向BTB发送数据获取申请：https://www.barntumorbanken.se/blanketter/；提交以下链接中提供的数据转让协议：https://www.barntumorbanken.se/s/BTB

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。