腹膜间皮瘤患者基因组与转录组测序数据
数据覆盖该患者的基因组与转录组序列信息,可用于间皮瘤相关的基因组变异与转录表达分析等研究用途(来源 EGA)。来自一名腹膜间皮瘤患者的基因组与转录组测序数据,作为 BC Cancer Agency 的 Personalized OncoGenomics (POG) 研究的一部分产生

基本信息
资源简介
腹膜间皮瘤患者基因组与转录组测序数据
该数据集为来自一名腹膜间皮瘤患者的基因组与转录组序列数据,英文名称为 Genome and transcriptome sequence data from a peritoneal mesothelioma patient,在站内归入肿瘤 / 间皮瘤分类,来源站点为 ega-archive.org。数据覆盖该患者的基因组与转录组序列信息,可用于间皮瘤相关的基因组变异与转录表达分析等研究用途。这批数据作为 BC Cancer Agency 的 Personalized OncoGenomics(POG)研究的一部分产生,属于该研究框架下针对腹膜间皮瘤患者个体开展的测序数据资源,面向肿瘤基因组学与转录组学相关研究场景提供原始序列层面的支撑。
【数据集背景】
该数据集产生于 BC Cancer Agency 的 Personalized OncoGenomics(POG)研究。POG 研究以个体化肿瘤基因组学为方向,本数据集即为该研究产出的组成部分之一,对应一名腹膜间皮瘤患者。腹膜间皮瘤属于间皮瘤的一种,本站将其归入肿瘤 / 间皮瘤分类,因此该数据在主题上定位于肿瘤基因组学中间皮瘤这一细分方向。数据集同时包含基因组与转录组两个层面的序列数据,说明其设计意图在于从 DNA 与 RNA 两个维度刻画该患者的肿瘤分子特征,而非仅提供单一组学信息。
【数据内容】
数据内容为来自该名腹膜间皮瘤患者的基因组序列数据与转录组序列数据。基因组序列信息可用于考察该患者肿瘤的基因组变异情况,转录组序列信息则对应基因转录表达层面的测量结果。两类数据合并构成对该患者肿瘤的基因组变异与转录表达进行联合分析的基础。除上述组学层面的描述外,样本数量、测序平台、测序深度、数据文件格式与数据体量等具体技术参数,源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ega-archive.org,即 EGA 归档站点,并由 BC Cancer Agency 的 Personalized OncoGenomics(POG)研究产生。数据对应一名腹膜间皮瘤患者,属于该个体在 POG 研究框架下接受基因组与转录组测序后形成的序列数据。关于样本采集的具体临床地点、采集时间、伦理审批编号以及患者人口学与临床背景信息,源站未提供。
【适用场景】
依据数据所覆盖的基因组与转录组序列信息,该数据集可用于间皮瘤相关的基因组变异分析与转录表达分析等研究用途。由于数据同时具备基因组与转录组两个层面,适合开展将变异信息与表达信息相结合的探索性分析。其个体化研究背景也使其可服务于肿瘤个体化基因组学方向的案例性研究。需要说明的是,上述用途均围绕数据本身所覆盖的组学层面展开;关于该数据是否适用于特定类型的变异检测流程、表达定量流程或临床解读,源站未提供相应说明。
【使用方法】
该数据集托管于 ega-archive.org。关于数据的具体获取方式、访问权限申请流程、下载与解压工具、文件组织结构和配套的分析流程,源站未提供。使用者在计划使用前,应依据来源站点的通用访问机制自行确认获取条件。
【质量与限制】
该数据集仅对应一名腹膜间皮瘤患者,属于单例个体数据,在样本规模上不构成群体水平的数据资源。关于测序质量指标、数据完整性、是否存在配对正常样本、数据版本与更新记录等信息,源站未提供。因此,在缺乏上述质量信息的情况下,不宜对该数据的测序质量与技术可靠性作出具体判断。
【引用与许可】
数据来源站点为 ega-archive.org,产生背景为 BC Cancer Agency 的 Personalized OncoGenomics(POG)研究。关于该数据集的具体引用格式、文献出处、数据使用许可条款与再分发规定,源站未提供。使用者在引用或使用该数据前,应向来源站点核实相应的引用要求与许可条件。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001001310
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Genome and transcriptome sequence data from a peritoneal mesothelioma patient [Dataset]. https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001001310
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