空间药理学多组学揭示髓母细胞瘤中的药物分布、代谢生态位和空间受限的耐药性
该数据集是一个整合了空间代谢组学、全转录组空间分析和原位转录组学的多模态医学数据集,包含来自髓母细胞瘤(SHH-MB)患者和小鼠模型的原始质谱成像、测序及空间坐标文件,主要用于研究CDK4/6抑制剂在肿瘤内的空间分布、代谢微环境、转录特征以及耐药机制,为肿瘤药理学和空间多组学分析提供关键数据支持。
https://researchdata.edu.au/spatial-pharmaco-multiomics-resistance-medulloblastoma/3952859
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资源简介
该数据集包含针对Sonic Hedgehog髓母细胞瘤(SHH-MB)的同一组织切片空间药理学多组学研究生成的原始空间多组学数据。数据集整合了基于基质辅助激光解吸/电离质谱成像(MALDI-MSI)的空间代谢组学、10x Genomics Visium全转录组空间分析以及10x Genomics Xenium高分辨率原位转录组学数据,所有数据均来自同一组织学切片。样本包括经CDK4/6抑制剂帕博西尼处理的SHH-MB患者来源原位异种移植(PDOX)小鼠肿瘤,以及注明的人类原发性SHH-MB肿瘤标本。MALDI-MSI数据捕获了帕博西尼和内源性代谢物在肿瘤主体、肿瘤-脑界面和血管周围区域的空间分布;Visium数据提供了与组织学背景对齐的空间分辨全转录组表达谱;Xenium数据则提供了选定基因组的单细胞尺度空间转录组图谱,实现肿瘤、基质和血管区室的高分辨率表征。原始数据文件包括:1. 正离子模式下获取的MALDI-MSI原始光谱和成像文件;2. Visium原始测序文件(FASTQ)及相关空间元数据;3. Xenium原始输出文件。该数据集支持独立重新分析SHH-MB内的空间药物渗透、代谢景观、转录程序和耐药状态,并促进集成同一切片空间药理学多组学框架的可重复性研究。
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